グラフィックとディスプレイ/wiki.ubuntu.com/OneiricOcelot/ReleaseNotes/ja
だと思いますが、解決法が分かりません。

別解で、タッチ数が増えるのですが、
システム設定→ユニバーサルアクセス→ポインター操作とクリックタブ→マウスキー→オン
で、テンキー上の矢印で、ポインターが動くようになりますので、「マークになりましたらテンキーの５を押してください。オレンジ色の枠がでますので、そのままマウスを移動させるとウインドウの大きさが変化します。適当な大きさになったら「５」空手を離してください。ウインドウ枠が確定します。ただし、「マウスキー→オン」の間、数字入力テンキーとしては使えませんのでご注意ください。

Launchpadに報告されている以下のバグが該当するかと思います。
https://bugs.launchpad.net/metacity/+bug/160311

Workaround(回避策)として、設定ファイルで画面の縁の幅を太くする方法が書かれています。

1. 以下のコマンドを端末で実行します。(端末の使い方は: https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/Others/HowToUseTerminal )

$ gksu gedit /usr/share/themes/Ambiance/metacity-1/metacity-theme-1.xml

2. <frame_geometry name="frame_geometry_normal" ... という記述の下あたりに設定項目が並んでいます。例えば、左、右、下の縁をそれぞれ5ピクセルずつ広げたい場合は以下のように変更します。

<distance name="left_width" value="5"/>
<distance name="right_width" value="5"/>
<distance name="bottom_height" value="5"/>

3. 設定ファイルを保存して再ログインすれば反映されます

11.04以降でUnityをお使いでしたら、Unity Grab Handlesを利用してみてはいかがでしょうか？
ウィンドウのコーナーと各辺の中央に円形の領域が表示されて、捉えやすくなります。

使い方は、以前ブログで記事にしましたので参考にしていただければ…

・参考：独学Linux:Unity Grab Handles in Ubuntu 11.04

Alt+F2を使わなくても、画面左上Ubuntuマークからダッシュを開き「ccsm」を検索すれば「CompizConfig 設定マネージャー」起動できます。
(MacBookユーザーではないのですが、OptionキーをAltキーとして使えませんでしたっけ？確認してみてください。)

余談となりますが、
SekkoさんはVirtualBox上でUbuntuをお使いとのことですが、最近のUbuntuはマルチタッチジェスチャーに対応しているので、UbuntuをMacBookに直接インストールするとタッチパットを3本指タッチすることでUnity Grab Handlesを表示できるようになるはずです。

unity-mt-grab-handlesのソースファイルを調べてみましたが、2000ms=2秒で固定されているようです。

void
UnityMTGrabHandlesWindow::resetTimer()
{
 if (_timer_handle)
 g_source_remove(_timer_handle);
 _timer_handle = g_timeout_add(2000, 
 &UnityMTGrabHandlesWindow::onHideTimeout, this);
}

これが固定されていると、コンパイルしなおさなければいけないので変更は難しそうですね。なお、単純なcompizのプラグインなら再コンパイルもできそうですが、どうやらUnityの一部になっているようなので、さらに難易度が高いと思われます。