コマンドのオプションと言うのは、普通はとても覚えきれるものではありません。
koisan1949 さんが仰っているように、man コマンドを使って使い方を調べます。
ただ、man コマンドでは具体的な使い方がピンと来ない場合があるので(私だけ？)、ググったりして調べることも多いですね。

あと、コマンドリファレンスが書店で売っていますので、ご自分で使いやすそうなのを1冊手元に置いておくと良いでしょう。
Linux を使っていてほぼ必ず使うコマンドは、ls、cd、cp、rm、rmdir、mv、mkdir、more、less あたりじゃないかと思いますが、このあたりのコマンドは細かいオプションを覚えていて損はないと思います。

また、同じコマンドでもどのような状況で使うかで、動作が異なることもありますので、そのあたりも注意すると良いでしょう。
例えば、cp コマンドはコピー先に同名のファイルが無ければ、文字通り単なるコピーを作成しますが、コピー先に同名ファイルが存在する場合は上書きで内容を書き換えてしまいます。
mv コマンドは別のディレクトリにファイルを移動するときに使用しますが、ファイル名を変更(リネーム)するときにも使います。

基本的にコマンドは無理に覚える必要は無いと思います。
上に挙げたような最低限のコマンドはある程度覚えておかないと実際差支えがあると思いますが、それ以上はコマンドの使い方を調べられる力を養うことに時間を使ったほうが良いでしょう。