O-157 による投稿:

マザーボードはASRockの880GMH/U3S3です。3.0Gbpsは認識したので問題ないのですが、高速なSSDを積んでいたので痛いです。状況が改善したら教えていただけると嬉しいです。

880GMH/U3S3の6Gbps SATAポートはASMedia ASM1061で、このチップはkernel 3.2からサポートです。
https://lkml.org/lkml/2011/11/15/237

mainline buildsを使えば使えるようになりそうですが（もしくは12.04待ち）、
https://wiki.ubuntu.com/Kernel/MainlineBuilds

そもそも論として、

・6Gbps SATAが効いてくるのはシーケンシャルライト/リードだけ。
・3Gbpsでもランダムライト/リード性能はSSDの限界まで出る。

ということと、

・シーケンシャルリードが要求されるのはせいぜい50〜100MB程度までで、それ以上のシーケンシャルリードが発生することは考えにくい。
・シーケンシャルライトなら有り得なくもないが、一般的な用法として行われるものではなさそう。

ということから、ベンチマーク以外の利用では大差がなさそうな気がします。

zagan による投稿:

BIOSで3Gbpsに設定すると認識するが6Gbpsに設定すると認識できないってことですか。。。
済みません。#2は見なかったことに。。。

えーといやそうではなく、

　・チップセット標準のSATAは3Gbpsまで
　・6Gbpsが別途付いているが、そちらはドライバがないので見えない（or 一応見えるが本来の性能を発揮できない状態で見える）

という話です。