サーバー本体に対して直接の操作（サーバーのキーボードやマウスからの操作）が不可能である場合、
クライアントからサーバーに対して ssh ログインしてみてはどうでしょうか。
サーバーであるならば openssh-server が稼働しているはずです。

自分の場合は、アップデートではありませんが、自分が書き換えたことによって、ログイン画面がでなかったり、その他の不具合が出た場合には、別のパソコンから ssh ログインして、書き換えたファイルを元に戻したりして、再起動すると、以前の状態に復帰できたりします。

ただ、アップデートプログラムなので、おそらく、かなりのファイルが書き換えられていますので、それを元に戻すということは、極めて難しいと思います。それが可能だとしても、そのプログラムが書き換えた箇所をすべて調べて、その修正ということになりますので、相当の時間がかかります。
よって、ssh ログインなどによって、サーバーにアクセスが可能な場合は、サーバーの中にある重要な、必要なファイルを外部に退避させたあと、再インストールという方法が現実的かと思います。なお、再インストールすると、データが失われますので、再インストールする時間は、3ヶ月ぐらい経ってからがいいと思います。その間は別のコンピューターを用意してサーバーとして運用することになりますが、後から「あのファイルが必要になった」なんてことはよくありますので、より安全だと思います。

見当違いであれば失礼しました。

>ginvxiceさん
投稿ありがとうございます。
バックアップをとって再インストールしてみたいと思います。