興味本位でのレスです。（他にレスが無いようなので）

まず、
「esp-r」とは、ネットで検索したところ、「エスパー」と呼ぶ「建築環境シミュレーション」ソフトのことでしょうか。

次に、
これをインストールして実行し、生成ファイルを保存し、ソフトを再起動すると、
保存したファイルにアクセスできないどころか、[ ls ]コマンドも利用できなくなったということでしょうか。

仮に
「esp-r」とは、「建築環境シミュレーション」ソフトのことであり、
これをインストールして実行し、生成ファイルを保存し、ソフトを再起動すると、
保存したファイルにアクセスできないどころか、[ ls ]コマンドも利用できなくなったということであれば、

これは、OS(Ubuntu, Linux)の問題ではないと思います。そのソフトを公開している開発元に問い合わせて解決を得るべきものと思います。
そのソフトを実行した結果、 ls も利用不可能になっというのであれば、そのソフトは致命的な重大なバグを含んでいる可能性があります。
とはいえ、
http://ssl.ohmsha.co.jp/cgi-bin/menu.cgi?ISBN=978-4-274-21016-7
を見るかぎりでは、実践上問題ないようにも考えられますので、インストールの方法に問題があるか、その後の設定で、必要な過程を実行していないか、ということになりますが、これらもやはり、開発元やその解説書を参照するのが基本的な姿勢です。

OS(Ubuntu) 自体の問題でなければ、このファーラムでは答えを得ることが難しいように思います。（そのソフトの専門知識に詳しい人が少ないので）