http://wikiwiki.jp/disklessfun/?misc1#header
↑こちらの、Canon MP990 をLinuxで使う
と言うところが参考になるんじゃないでしょうか。

santaomura2と申します。相当の初心者ですが、ご参考になればと思い投稿いたします。

わたしの環境はUbuntu11.10(i686)で32Bit版の日本語リミックスですので、ご参考ていどということで申し上げます。

当方の使用プリンターはCANON-PIXUS560iですが、CANONのサイトで見ますところ、”560i.860i.990i"はおなじドライバーで可動するようですので、
ご参考になるのではと思います。

結論から申し上げますと、特別ドライバー等をダウンロードしなくても、印刷の設定だけでけっこう綺麗に印刷できました。
わたしの560iでの設定手順を、書きます。５６０iを９９０iと読み替えていただいたらよろしいと思います。

　　　　　　　　　１　：まずusb端子に接続し、そしてプリンターのスイッチをONにする。（少しして自動で560iを認識する。）
　　　　　　　　　
　　　　　　　　　２　：次にダッシュ等から印刷の設定ウインドウを開く。

　　　　　　　　　３　：560iのアイコンを右クリックしメニューからプロパティを開く。
　　
　　　　　　　　　４　：設定のページで「説明」欄が”５６０i”になっているのを確認し、
　　　　　　　　　　　　　「デバイスURI」欄が”usb://Canon/560i?serial=30BMYQ"になっているのを確認します。

　　　　　　　　　５　：次に「製造元とモデル」欄の「変更・・・」ボタンをくりっくして、ドライバーの変更ページを開きます。
                                  すると、「ドライバーを選択」のページになり、自動で検索が始まります。

　　　　　　　　　６　：”データベースからプリンターを選択する”の所にチェックがあるのを確認し（なければクリックしてチェックがあるようにする）、
　　　　　　　　　　　　　下の「製造元」のところをスクロールし、”Canon"を選択（クリック）して「進む（F)」をクリックする。

　　　　　　　　　７　：「ドライバーを選択」ページで「モデル」の所をスクロールし、適合するモデルを選択する。
　　　　　　　　　　　　　わたしはi560を、saru17さんはi990かPIXMA MP830というのがあるので、そちらをえらばれたらいいのではと思います。
　　　　　　　　　　　　　右の「ドライバー」欄に表れたドライバー名の推奨のほうを選択し、「進む（F)」をクリックする。

　　　　　　　　　８　：「既存の設定」ぺーじで、”古いPPDからオプション設定を・・・・・”の項目のところにチェックをいれ（確認かも）、
　　　　　　　　　　　　　下の「キャンセル」をクリックして、４番の設定ページにもどり、”製造元とモデル”のドライバー名が変わったことを確認し、
　　　　　　　　　　　　　”テストページの印刷”をクリックして、印刷のテストをする。”プリンターオプション”・”ジョブオプション”で印刷の設定が
　　　　　　　　　　　　　できるようですが、ほとんどデフォルトのままでいいみたいです。必要におうじてやってみてください。

　　　　　　　　　９　：終了する前には、必ずしたの「OK」をクリックして終了する。

以上がプリンタードライバー等の設定です。多少なりともお役にたてれば幸いですが、上記以外のことについては
ご質問いただいても、わたくしでは申し訳ありませんが、お答えできないかと思います。
あとは、ベテランの方々にお任せしたいと思います。かってながら、よろしくお願いいたします。
　　　　　　　　　　　　　　

santaomura2さん

返信が遅くなり申し訳ございません。

ご投稿いただいた手順にて設定をおこなってみたところ、概ね解決することができましたのでご報告いたします。

「概ね」と記載したのは、テスト印刷にて一部色の出方がおかしなところがあったため、そのような表現にしております。
具体的には、Greenのテスト印字領域の一部に、何度やってもBlackが混ざってしまうとい現象です。

それでも全く印刷できない訳ではなく、テキストベースの印刷物であれば特に問題も無いようなので、
これからはWindowsに切り替えて印刷せずに済みそうです。