PC構成の詳細を投稿願えますでしょうか。特にM/B、GPUあたりは影響あるかも知れません。
また、設定の問題なのかを切り分けるため、Ubuntu11.04のLiveCDなどで動作確認してみて下さい。

KDEではキーボードが動作するということを考えると、Unity/Gnomeの設定か、Unity/Gnomeの動作に起因する問題のようにも思えますが、例えばキーをひとつだけ数秒～数十秒押すと反応があったりしますでしょうか。あるいは、反応のあるキーと、反応の無いキーが明確に分かれるような挙動でしょうか。

takehito による投稿:

M/B 組込用ASRock M3A785GMH/128M
GPU なし
メモリ 組SPJ SP001GBLTU133S02 二枚
になります。

奇遇ですね。私も同じ型式のM/Bを使用しています。
現在は、Kubuntu 11.10(amd64)になっていますが、Kubuntu 11.04(amd64)のときもまったく異常は無かったので、少なくともM/Bとカーネルの間でなにか問題が起きているというようなケースではなさそうです。

takehito による投稿:

11.04LiveCDを試したところ、キーボードは正常に動きました。

LiveCDで問題無しとのことなので、M/Bなどのハードウェア故障の線も薄いですね。
GPUは無しとのことなのでオンボードのRadeon HD4200を使用されているのだと思います。
その認識でよろしいでしょうか。

takehito による投稿:

その後 ubuntu クラシック、Unity 2Dで、長押しにすると2秒ほど遅れて反応があることが解りました。
また、全てのセッションにて、キーボード入力の反応を確認してみました。全セッションともキーは全て出力できました。

ここまででなら、ユニバーサルアクセス機能のスロキーが何かの拍子に有効になってしまったのかなぁ、と思うところですが。。KDEでも起きるとなると違うのかも。
念のため、システム設定のユニバーサルアクセスのスローキーが有効になっていないか確認してみて下さい。
有効になっていれば無効化して下さい。
無効になっている場合でも、一度、有効、無効とトグルさせてみて下さい。

takehito による投稿:

またKDEでも何か他の作業をしていると、時々だんだんとキー出力が遅れてきて最後には2,3秒待つ様になり、リブートして直します。

しかし、KDEでも起きるとなると、もっとなにか違う原因があるのかも、と思ってしまいますね。
端末で、topを起動させておくと、異常にCPUを使用するプロセスがいたりしますでしょうか。

あとは、直感的な話になってしまいますが、共通部分という意味ではグラフィックドライバなどカーネルに関連する部分が怪しい気がします。LiveCDで問題なかったことを考えると、radeon用のプロプライエタリドライバがおかしな動きをしていないかが気になりますが、現在、プロプライエタリドライバ(fglrx)が有効になっていたりしますでしょうか。
そうなっている場合、これを無効化してみると状況に変化ありますでしょうか。もし、変化がでるようであれば、M/Bのサイドポートメモリの有効/無効を切り替えてみる、radeonドライバ(オープンソースドライバの方)を使うことにする、などが対策になりうるかと思います。

上の投稿は間違いです。

hmatsueさん
直りました。原因はスローキーの設定がonになっていた事でした。
ありがとうございます。今後ともよろしくお願いします。

takehito による投稿:

またKDEでも何か他の作業をしていると、時々だんだんとキー出力が遅れてきて最後には2,3秒待つ様になり、リブートして直します。

この点についてはよく解りませんが、メモリが足りないのかと思っていました。