Uubntu11.10を使用しています。
Xfceを入れていろいろなアプリを試していたところ、AIR草紙が栞を保存できない現象が起きました。
以下、対策になります。


http://blog.digitalstruct.com/2009/07/17/running-air-apps-in-xfce/
を参考に、スクリプトを次のように作成して実行したところ、正常に栞情報を保存できるようになりました。

#!/bin/sh
export GNOME_DESKTOP_SESSION_ID="xfce"
/opt/AIR草紙/bin/AIR草紙 &

XfceでAirアプリが正常に動かない場合は参考にしてください。