興味があってmikutterをダウンロードしてみたのですが、Gwibberのように通知領域に未読数を表示する機能は無いみたいですね。

GwibberやLifereaのように、Application Indicatorにアイテムを追加・削除したりアイテムの状態を更新したりするには、アプリケーション側で専用の関数を呼び出す必要があり、基本的にはアプリケーションのソースを編集することになると思います。(Gwibberは上流での実装、LifereaではUbuntu側でのパッチによる実装となっています)
また、これらの機能はUbuntuではCとPythonのみで提供されているようで、Ubuntuではrubyでの提供はありません。
http://unity.ubuntu.com/projects/appindicators/

(多分野良の)ruby向けのlibappindicatorも見つけましたが、rubyの経験がないので、なんとも言えません。
https://github.com/leander256/ruby-libappindicator

あとはmikutterの開発者にお願いしたりパッチを提供したりすれば、実装されるかもしれません。