私は過去にUbuntuとFedoraを外付けHDDにデュアルブートをした経験があるのでそのときの経験からお話を。

まずはパーティションから。私はFedoraのインストーラーを使ってパーティション分割作業を行いました。
そしてFedora領域、Ubuntu領域、兼用のSwap領域の三つに分けました。
順に「/dev/sdb1」「/dev/sdb2」「/dev/sdb3」として話を進めたいと思います。
f.eagleさんは、そこにWindowsとの共有部分も持ちたいとのことですが、さらにもう一つ切り分けていただければ良いと思われます。このパーティションを「dev/sdb4」とします。
Swapに関しては1024MBほどを確保しました。実メモリの半分です。
また、私のUSB-HDDは40GBですので、それぞれのOSに20GB弱を割り当てたことになります。

次にインストールです。誤った操作をしないようにするため、他の外付け保存メディアはすべて取り外しておくことをおすすめします。

Fedoraをまずインストールしました。このときHDDの利用方法を「カスタムレイアウトを作成する」とし、
その画面で上記のように切り分け、「/dev/sdb1」をext4でフォーマットし、マウントポイントを「/」に設定しました。
「/dev/sdb3」をswapに設定した後、「/dev/sdb2」はext4でフォーマットし、マウントポイントを「/mnt/ubuntu」としました。
ここで、ブートローダーを「/dev/sdb1」にインストールすると言うことをお忘れなく。「デバイスの変更」ボタンで必ず変更してください。

ここからはUbuntuのインストーラーに切り替えます。ここでもやはり「インストールの種類」で「それ以外」を選択します。
このとき、「/dev/sdb1」にはすでにFedoraがインストールされている状態となっているので、決してフォーマットしないでください。
マウントポイントは「/mnt/fedora」としておきました。
Fedoraのインストーラーで作っておいた「/dev/sdb2」のみを一応ext4でフォーマットしておき、「/」をマウントポイントに設定。
Swapには「/dev/sdb3」を利用します。
そしてブートローダーを「/dev/sdb」にインストールします。こここでは数字なしです。これがミソ。

これで一応デュアルブート状態が確立したはずですので、そのまま再起動してUSB-HDDから起動していただければ使えるとは思いますが、
/dev/sdb2をフォーマットしたせいで、Fedora側からUbuntuの領域に接続できなくなっています。
それを解消するには少々面倒な手順を踏まなければいけませんが、共通領域を作るというのならあまり問題にはならないでしょう。
(手順を本当にごく単純に書くと、Fedoraのfstabという物の中に記述されている/dev/sdb2のUUIDを書き換える、という物です)

また、Grub(ブートローダー)の設定により、Fedoraが起動しない場合があります。
その場合はUbuntu側のGrubの設定をいじくることになります。起動しないかどうかはやってみないとわからないので何とも言えませんが...

次にexFATですが、Ubuntuなら端末を使って簡単にインストールできます。
私のサイトにごく簡単にまとめましたのでご覧になっていただければ幸いです...
Fedoraでの情報はまだ発見していません。
ただNTFSであれば特に何もしなくても中を覗いたりすることは可能でしたので、その方向で検討すると良いかもしれません。

また、homeを別パーティションに分けることに関してですが、これは私の勝手なイメージですが
HDDを二台用意しておいて、homeディレクトリだけを片方のHDDに設定し、安全性を高めるといったことに使われるのではないかと...(自信ないです誰かフォローを！)

さて、いろいろと書いてきましたが、かなりおおざっぱですので細かいところどんどん突っ込んでください。

(またデュアルブート実験してみないと！)

arunekoさん、hmatsueさん、返信有難うございます。

hmatsueさん による投稿:

自分の意見としては、明確な目的、理由が無いのであれば、/homeは分けずにインストールしておけばよいのではないかと思います。

Ubuntuの知識を増やし、上手く扱えるようになったら挑戦してみることにしますが、取り敢えず、分けずにそのままインストールしたいと思います。

初歩的な質問で申し訳ないのですが、Fedoraインストール時のブートローダーのインストール先は「/dev/sdb1」。
Ubuntuをインストールするときにブートローダーを数字なしの「/dev/sdb」にインストールするのはなぜですか?

外付けHDDを「/dev/sdb」として…
Fedora LiveUSBを起動し、「カスタムレイアウトを作成する(C)」を選ぶ
↓
「/dev/sdb1」ext4 30GB Fedora 16
「/dev/sdb2」ext4 30GB Ubuntu 11.10
「/dev/sdb3」swap 5GB Swap
「/dev/sdb4」exFAT 400GB(残り容量) 3OS間共用
と、4つのパーティションを切る
*外付けHDDは500GBですが、仕様上、実質使用可能領域は465GBです
↓
Ubuntu用パーティションにマウントポイントを設定
↓
/dev/sdb1にFedora 16をインストール
↓
/dev/sdb1にブートローダーをインストール
↓
コンピューターを再起動
↓
Ubuntu LiveUSBを起動し、その他を選ぶ
↓
Fedora用パーティションにマウントポイントを設定
/dev/sdb3にSwapを設定
↓
Ubuntuを/dev/sdb2にインストール
↓
インストール完了
…ということでよろしいのでしょうか?

このフローチャートを作っているときに気付いたのですが、
Fedoraのインストーラーで「/mnt/ubuntu」と設定したマウントポイントを、Ubuntuのインストーラーで「/」に変更するということですか?

いきなりFedoraとUbuntuを居候させようとするなんて結構無謀ですが、お許しください…

hmatsueさんがおっしゃったように、ブートローダーのインストール位置をわざわざ分けたのは、無用な混乱を避け、UbuntuのGrubにすべてを任せる方向で行きたかったからです。
仮に同じ場所にインストールして上書きされるような事態となればまた面倒なことがありますし...

hmatsue による投稿:

arunekoさんの投稿含めてですが、このあたりはちょっと理解できませんでした。
FedoraとUbuntuは別システムなので、互いにマウントポイントを設定して、他方のパーティションを固定的にマウントする必要性は感じません。

swapを共有する場合、あとからインストールする方(今回の例ではUbuntu)で、swapパーティションのフォーマットをしないように気を付けるだけでよいのではないかと思います。

固定マウントは必要なかったんですね。ひとまずやっておいた方が良いのかな...程度の浅はかな考えで設定していました。
無用な混乱を避けるためには帰って設定しない方が無難かもしれませんね。わざわざマウントポイントを設定しているこの手順は省きましょう。

f.eagle による投稿:

Fedoraのインストーラーで「/mnt/ubuntu」と設定したマウントポイントを、Ubuntuのインストーラーで「/」に変更するということですか?

とのことですが、その認識で合っています。しかし、FedoraのインストーラーでUbuntu用のパーティションのマウントポイントを設定する必要がないということなので、
UbuntuをインストールするパーティションだけFedoraのインストーラーで作っておいて、そのパーティションのマウントポイントをUbuntu側で「/」に設定すれば良いでしょう。