Linux7さん　こんにちは！

どんな環境なのか　分かりませんが・・・

私が　経験した事を書きます
ダウンロードした　ディレクトリのなかに　動画ファイルと同じ名前の字幕ファイルが　あれば
動画プレーヤーが自動的にその字幕を判断するようです。
字幕ファイル名を変えるとか・・・ディレクトリーの外に出すとかで解決されるのでは？？
当たって　なかったら　ゴメンなさい。

vlcユーザで、字幕を意識したこともないので、自信はありませんが、
「設定」→「全般」の
「動画を読み込んだら字幕ファイルも読み込む(L)」のチェックはどうなっていますか？
日本語の意味からすると、意図されている事を指定するパラメータに見えますが。