Ubuntuの・・・というかLinuxのサウンドシステムの場合、ものによってはこういう症状が発生することもあります。

解決するには、マザーボードに搭載されているサウンドカードに使われているチップを調べ、それに対応するサウンドドライバー（カーネルモジュール）を突き止め、管理者権限で設定ファイルを作成するという手順を踏むことになります。割と面倒ではあるので、画面操作でスピーカー出力をオフにして我慢できればそうしたほうがよいでしょう。

また、新しめのUbuntuには更新されたサウンドドライバーが使われているため、アップグレードすることで症状が改善することがあるかもしれません。