＞試しに削除できるところまで削除してからもう一度入力して、エンターキーを押して見たところ、
＞System.out.println(line);は何も表示してくれませんでした。
この二行に関しては勘違いでした。

「テスト」と入力し、BackSpaceを3回押してから、
再び「てすと」と入力してEnterを押したところ、「てすと」のみ表示されました。

vine_userさん、お返事ありがとうございます。

vine_userさん、einundzwanzighundertsechsさんがおっしゃるように、
EmacsでM-x shell（Alt+xキーを押した後、shellと入力することだったんですね）を実行後、
#1のプログラムを実行してみたところ、全角入力した文字をきちんと削除することができました。

単純にUbuntuのアップデートでこの問題が解決してくれるわけではないなら、
端末などに依存したCUIのプログラムではなく、
jarファイルを実行するだけで使えるGUIのプログラムに変更すべきなんでしょうか？

まだ勉強不足で、GUIでの文字の入出力の方法が分からないので、
CUIで動くプログラムを作りたかったのですが……。

CUIで動くプログラムを作るよりは、
GUIで動くプログラムを作る方が、そもそもこの問題に直面しないですむのでしょうか？

また、単にGUIに変更しただけでは、再び全角入力した文字を綺麗に削除できない問題は起こりうるのでしょうか？

vine_userさん、お返事のために時間を割いていただいてありがとうございます。

jcursesについて、グーグルで調べてみましたが、具体的なソースの作例が見つからず、
使い方がよく分かりませんでした。
（作例を示してもらえるとありがたい、と言うような投稿をjcursesのサイトで見つけたのですが、
その投稿に対して返事がされておらず、jcursesの作例を見つけることはできませんでした。）

jcurseについて英語のサイトを調べる事に時間を割くより、
書籍の充実しているGUIの実現の仕方について勉強した方が、
実がありそうに感じます……。

結論としては、

あくまでCUIにこだわる場合
→jcursesを使う（具体的な使い方は分かりませんが）

とくにCUIにこだわらない場合
→GUIで動くプログラムに変更する

といったところでしょうか？
jcursesを活用してらっしゃる先達の識者さんに作例を示していただけると、
今後同様の問題に直面した、Ubuntuの端末を使ったプログラミングをしている初心者の救済になると思うので、
コメントいただけると幸です。