御返事有難うごいます。

emacs -q はだめ。

(custom-set-faces
'(default ((t (:inherit nil :stipple nil :background "white smoke" :foreground "dark green" :inverse-video nil
                         :box nil :strike-through nil :overline nil :underline nil :slant normal :weight normal :height 90 :width normal :foundry "unknown" :family "VL ゴシック")))))

上記の様に設定してもダメでした。

どうも ubuntu 側の問題なような気がします。
warning message で、問題なく動作しているようようですが、どうもよく分かりません。
.emacs ファイルは全てコピペで済ましているのが、良くない様です。

勉強不足でした。

emacsをリモートから操作する場合、
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=384
のような話があったりとか、

xorg.confの記述内容が適切でない場合、
http://www.m17n.org/mlarchive/mule-ja/200612/msg00004.html
のような話があったりするようですが、

これらのケースに該当しますでしょうか。
前回書いたVLゴシックを使う場合の設定は、私の~/.emacs.d/init.elからの抜粋ですが、
この設定をそのままで使う場合はVLゴシック(ttf-vlgothic)の追加インストールが必要になりますし、他のフォント設定はコメントアウトする必要があるかと思います。

ただ、emacs -qでも「だめ」という状況が気になります。エラーメッセージは同じものでしょうか。
設定ファイルの無効化でうまく動作しないとなると、何か他の要因があるのでしょうね。

私はつい先日まで、Kubuntu 11.10で、emacs23を使っていましたが、特におかしな挙動はありませんでした。
古いバージョンのemacsは使ってはいませんでしたが、もし、まだ調査を続けるようであれば、新規ユーザを作成して設定を何もしていない状態でemacs -qしてどうなるか確認してみて下さい。
また、emacs23以外を使用されている場合、emacs23の使用も検討してみては如何でしょうか。