FileZilla は使ったことがありませんが、

自身のコンピューターでホームフォルダを表示させると、
画面一番上部のツール・バーのファイル・メニューから
サーバーへ接続という項目が選べるはずですが、

そもそもそれで ftp 接続できますでしょうか？

その結果が分かれば、詳しい方が返事してくれるかも。

>えっと、ファイル・メニューに、「サーバーへ接続」という項目は見当りません。
>代りに、「サイトマネージャー」という項目があります。
それで「接続」してみると、エラーになるのです……。


ええっと、12.04ですよね？
あくまでも、詳しい方の返事を得られるようにと思って、もちだした話ですので、
かえって混乱させてるようですいません。

FileZilla でという話とは少しずれてますが、
うちでは以下の画像のように「サーバーへの接続」というのが出ます。（うちはunity 使ってないですが、12.04です）
ftp というだけなら、これでも出来るはずなのです。

参考までに。
混乱するだけと思うようでしたら、無視してください。では。

01 サーバーへの接続メニュー.png
http://dl.dropbox.com/u/3364436/01%20%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%83%BC%E3%81%B8%E3%81%AE%E6%8E%A5%E7%B6%9A%E3%83%A1%E3%83%8B%E3%83%A5%E3%83%BC.png

02 サーバーへの接続ダイアログ.png
http://dl.dropbox.com/u/3364436/02%20%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%83%BC%E3%81%B8%E3%81%AE%E6%8E%A5%E7%B6%9A%E3%83%80%E3%82%A4%E3%82%A2%E3%83%AD%E3%82%B0.png

私が思いますに、

サーバーへの接続ダイアログの項目と、
それ以外に さくらレンタル・サーバーの パスワード の

それらどれかの項目に問題があるとしか考えられない
と思います。

つまり、（ダイアログにある）サーバー名とポート番号と
パスワードの3つです。

それらを見なおして、どうしても分からなければ、
さくら に聞いた方が早いのではないでしょうか？

うちでは 12.04 いろいろバギーと判明中です。

具体的には、Rails 3.1 （および 3.2）で プロジェクトの作成すら出来ません。

パスワードの認識が全然出来ないようです。
（プロジェクト作成時にパスワードを求められるのですが、それが全然認識しない）

filezilla とも Movable Type とも関係ありませんが、
パスワードを認識しないという点で、なにか共通してるような気がします。

バージョンをとりあえず落とした方が幸せになれるかもです。

私の方もいろいろ悩んだあげく、ダウングレードはしないで、
とりあえず virtualBox に 10.04 を入れることにしました。
10.04 というのは、使っている さくらvps に合わせるためです。
早めに 12.04 に一本化出来るように願うばかりです。