>.../mecab/dic/ipadic/dicrc
辞書はインストールされましたか？
また、mecab は、最新版ではないですが、パッケージが用意されていたと思いますが、ソースからインストールする必要があるのですか？

おそらくmecabのソースコンパイル時のオプションが適切ではないため、辞書を見つけることができないのでしょう。

$ dpkg -L mecab-ipadic
（中略）
/var
/var/lib
/var/lib/mecab
/var/lib/mecab/dic
/var/lib/mecab/dic/ipadic

mecabのコンパイルオプションを確認してください。

なお、ipadicの名前を持つパッケージも複数存在するようなので、そちらも調べておくと不幸な事故が減らせるかと想いました。

初めまして。
私の環境でも同様の出力になっていて困っていました。
Ubuntu 12.04.1
VirtualBox4.2.6

mecab-0.994では問題ありません。
最新版では化けるようです。

ちなみに、0.994でも最新版でも
--with-charset=utf8
のみ付けて./configureしてます。

私は結局0.994を利用しています。
0.994を利用してはいかがでしょうか？

Xubuntu 12.10にもMeCabのパッケージ版を試みにインストールしてみました。
$sudo apt-get install mecab
$ apt-cache showpkg mecab
Package: mecab
Versions:
0.99.3-3 (/var/lib/apt/lists/ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_quantal_universe_binary-i386_Packages) (/var/lib/dpkg/status)
Description Language:
                 File: /var/lib/apt/lists/ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_quantal_universe_binary-i386_Packages
                  MD5: e4eab18e2611f99ded7dca3f78c46fe9
Description Language: en
                 File: /var/lib/apt/lists/ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_quantal_universe_i18n_Translation-en
                  MD5: e4eab18e2611f99ded7dca3f78c46fe9
Description Language: ja
                 File: /var/lib/apt/lists/ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_quantal_universe_i18n_Translation-ja
                  MD5: e4eab18e2611f99ded7dca3f78c46fe9


Reverse Depends:
  skktools,mecab
Dependencies:
0.99.3-3 - libc6 (2 2.0) libmecab2 (2 0.99.3-3) mecab-jumandic (16 (null)) mecab-ipadic (0 (null))
Provides:
0.99.3-3 -
Reverse Provides:

起動してみましたが、私も文字化けしました。
TeraTermからSSHでログインし、端末の入出力を日本語EUCにすると文字化けはなくなるので、日本語EUCがデフォルトの入出力になっているようです。
設定等でja_JP.UTF-8になるのであれば教えていただきたいです。