MacBook Air Mid 2012(Mac OS X 10.7.4) のUSキーボードモデルにVirtualBoxを入れ、VirtualBox4.1.18にUbuntu 12.04を入れています（デスクトップ環境はUnity）。

キーボードレイアウトの設定は「英語(Macintosh)」です。

問題は、MacBookにおけるcommandキーがsuperキーとして認識されてしまうことです。Macと同様、commandキーをctrlキーとして使いたいのです。

自分でやった対処法：
1.端末でxevを実行してcommandキーのキー番号を確認。結果：keycode 49 (keysym 0x60, grave)
2.xmodmap -pkeも実行して設定を確認。結果：49 = grave asciitilde grave asciitilde dead_grave dead_horn dead_grave
3.gedit ~/.xmodmap をして「keycode 49 = Control_L」と設定し、xmodmap ~/.Xmodmapを実行。
結果は、
xev : keycode 49 (keysym 0xffe3, Control_L)
xmodmap : keycode  49 = Control_L NoSymbol Control_L
となり、設定が変わっているように見えるのですが、実際の操作は相変わらずで、commandキーがsuperキーとして動いています。
また、一度ログアウトしてログインすると、元の設定に戻ってしまいます。

何か打開策があればご教授ください。


※目的は操作の統一なので、Mac側でキーを置き換えてもいいのですが（この設定は簡単にできます）、commandキーの配置は気に入っているので、Ubuntuの操作をMacに合わせる方向で考えています。