fylfotさん、こんばんわ。長文失礼いたします。
まず、最初に確認させて頂きたいのですが、お使いのマウスの故障は考えられませんか？
もし、可能であれば他のPCなどで試せるのであれば確認してみてください。
お使いの環境が具体的に分からないので判断しにくいのですが、通常は"gpointing-device-settings"をインストールしなくてもマウスのホイール機能は使えるはずです。（違っていたらごめんないさい）
以下、お使いのマウスが正常であるということを前提に勉強を兼ねて調べてみました。"gpointing-device-settings"は端末から手動でインストールされたのでしょうか？
私は、Synaptic パッケージマネージャ（12.04のデフォルトではインストールされていません）から インストールしたのですが依存ファイルをありましたのでログをそのまま掲載しますね。
gpointing-device-settings (バージョン 1.5.1-6) がインストールされます
libgpds0 (バージョン 1.5.1-6) がインストールされます

＞gpointing-device-settingsをインストールしてみて設定を変えて確定しても、
＞ホイールは使えず。もう一度開くと項目のチェックが消えています。

設定内容が反映されていらっしゃらないようなので、まず直近に更新されたファイルがないか私の環境で調べてみました。
find ~ -mmin -5 \! -type d
このコマンドの意味はホームディレクトリ（フォルダ）で５分以内に更新されたファイルの一覧を表示しなさいという意味なのですが
複数のファイルが表示されると思いますがその中に以下のようなファイルがありおそらくこのファイルが"gpointing-device-settings"で設定した内容を保存してシステムに反映されると思われます。
"/home/XXXX/.gconf/desktop/gnome/peripherals/ImExPS@47@2@32@Generic@32@Explorer@32@Mouse/%gconf.xml"
（ImExPS@47@2@32@Generic@32@Explorer@32@Mouse/%gconf.xmlの名前はもしかしたら、違うかもしれません。）
何がいいたいかというと、設定したはずなのに内容が反映されないということはfylfotさんの更新権限が付与されていないのかもしれません。
『/home/XXXX/.gconf/desktop/gnome/peripherals/』にfylfotさんの使用しているアカウントで所有者が自分のアカウント、アクセス権が作成と削除になっているか確認してみてください。

＞xorg.confを開いてみても白紙です。
おそらく/etc/X11/配下のことをおっしゃていると思うのですが、ご指摘のように他のLinuxやUbuntu9.04以前？はPCに接続されているキーボードやマウス、ディスプレイアダプタの内容などの内容が記述されています。しかし今のUbuntuでは、ユーザが任意に、例えば、ディスプレイアダプタをAMDの物を接続した際に、ドライバのインストールの過程で作成する事もあるといったことでもなければ自動生成されることはないと思います。

ご参考までに。