midnighteggさん、はじめまして。ご使用のPCなどの環境が具体的にわからないので、あくまで私個人の意見です。
動画サイト（有名な例ではご指摘のYoutube、ニコニコ動画）などにアップされている動画をストレスなく鑑賞できる条件がいくつかあります。

1.パソコンのスペックに問題がある。動画系のファイルはパソコンのCPUリソースを大幅に使用します。数年前に流行ったネットブックのAtom系CPU搭載パソコンはこのため動画鑑賞目的には適さない場合がありえます。
2.配信元のサーバの混雑具合によるもの。接続しているユーザの数が多くなるほどサーバの負担が大きくなりクライアント（視聴者）に満足のいく通信環境を提供できない場合があります。
3.”１”の例とやや条件が似ていますが、投稿者様の動画のエンコード設定によるもの。動画の圧縮率などによりクライアント（視聴者側）のPCの環境に大きく影響されます。ニコニコ動画などでは、動画をベンチマークテスト目的としてアップされているものもあります。
4.インターネット環境の問題。インタネットの接続は、光ケーブル系、ADSL、モバイル、ダイアルアップのいずれかに該当すると思いますが、光ケーブル系を除いた環境では、一般的な使用において下り速度（サーバ⇒クライアント）が重視されます。したがって、動画を視聴するための十分な下り速度を得られていない可能性があります。

compiz設定と、動画の視聴環境との因果関係はよくわかりませんがあえて考えられる原因としてはUbuntu12.04は（デスクトップキューブなどを除く）compiz環境は、通常Unity３DのためにOSのインストール時に設定されます。GPU環境がUnity３Dに適さない場合は、Unity２Dとなります。よってPCのスペックによっては、Unity３Dが動作してもOSにCPUリソースなどを大きく割かれる場合があります。

以上、駄文失礼いたしました。m(__)m