keigo による投稿:

■やりたい事
OSをリブートしたときに、自動起動したいプロセスを追加したい

■途中経過
/etc/rc5.d配下に実行ファイルを作って格納しました。

rootユーザで格納していますが、実際はそのプロセスは他の
ユーザーで実行したいと思っています。

これって「初心者サポート」には似つかわしくないカモ。
「開発環境」だとか「サーバ環境」だとか …

んで, 「他のユーザーで実行したい」のはどんな理由でしょう。

自動起動でない通常のプログラムであれば, アクセス権限 (mode)でユーザーIDを指定できるです。
その指定がなければ 「rootユーザで格納して」いるのは実行時には意味はないカモです。
参考: http://www.linux.or.jp/JM/html/LDP_man-pages/man2/chmod.2.html

理由が, 作成したディレクトリの所有者を変更したいとかなら, 作成した後にオーナーを変更するとか,
あるいは(あらかじめ作成しておいてから) スティッキービットって手もあるです。
何を行いたいかによって様々かも。

それから, 「/etc/rc5.d配下に実行ファイルを作って」てゆーのも問題カモです。
通常は /etc/init.d/以下に作成しておいて, symbolic-linkするです。
update-rc.d ってコマンドあるので manpage見てください。

start-stop-daemonという仕組みがあります。

start-stop-daemon --start --user hobbit --exec hobbit

とかするとお望みの挙動になると思います。

http://surf.ap.seikei.ac.jp/~nakano/linux/init.d.html
あたりが参考になるでしょうか。