https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/ … brWithGrub
で、install-grubのかわりに、update-grubを実行してください。

または、AlternateCDをダウンロード・CDに焼いて、起動させ、メニューから修復を選び、update-grubを実行してください。
http://www.cdimage.ubuntu.com/releases/precise/release/

AlternateCD の rescue モードを使って update-grub を実行するところまで来たのですが、
using custom appearanc settins
という表示が出て ubuntu がスキップされるようです。
grub-mkconfig でも同様です。

それと /etc/grub.d/40_custom のなかみが
----
#!/bin/sh
exec tail -n +3 $0
# This file provides an easy way to add custom menu entries.  Simply type the
# menu entries you want to add after this comment.  Be careful not to change
# the 'exec tail' line above.
----
だけで、他に 41_custom というのがあって、
----
#!/bin/sh
cat <<EOF
if [ -f  \$prefix/custom.cfg ]; then
  source \$prefix/custom.cfg;
fi
EOF
----
というふうになっているのが気になるのですが。