OSですが、12.04.1LTS(64bit)を使っています。

いつの間にか、しすてむ設定の言語さぽーとも消えていました。

https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=12333
上記ぺーじでは、ばーじょんあっぷぐれーど時にいんじけーたーが消えるという、似たような現象を、
ですくとっぷてーまを変更した後、再起動して復活させたと書かれていたので、試してみたのですが、
やはりきーぼーどあいこんと日本語入力は復活しません。

みなさんお忙しいようなので、微力ながら
ubuntuソフトウェアセンターから
１。ibus-anthyを再インストールしてみる
２。日本語入力できればいいのなら　ibus-mozcをインストールしてみる

いかがでしょう？

hide様、ご助言いただき、ありがとうございました。
Ibus、Anthyの再インストールをした所、インジケーター上に新たにキーボードアイコンが復活したので、
キーボードレイアウトの複数登録で表示していたアイコンを、日本語のみの登録で消しました。
新しいアイコンは情報、設定、再起動、終了の項目があり、このアイコンがIbusである事が分かりました。

現在、geditを立ち上げ、ウィンドウ内の右クリックで
「入力メソッド」→「Ibus」
とする事で、Anthyなどのインプットメソッドが使えるようになりました。
ただ、再起動のたびにアイコンが消える、または挙動が怪しくなるので、
ご案内いただきました「Ubuntu Magazine Japan vol.8」P28左下のコマンド
sudo add-apt-repository ppa:japanese-testers/ppa
sudo apt-get update; sudo apt-get upgrade
も実効しましたが、再起動後にはやはりアイコンが消えてしまいますので、ランチャーにIbusを登録し、
ワンクリックで立ち上げられるようにしました。

Ibus復活は、今のところgeditのみで、
Mozilla系のFirefoxやThunderbirdでは入力メソッドの手動切り替えが見当たらず、
よって「全角/半角」キーで日本語入力が使えずにいます。

原因かどうかは分かりませんが、今回のトラブルが発生する直前、パッケージのアップデートが案内されたので、
実行した事が有りました。

1.再起動のたびにIbusが落ちる
2.geditのように入力メソッドを手動切り替えできるソフトでないと、インプットメソッドが使えない
上記２点の問題を解消できれば、FirefoxやThunderbirdが使いやすくなります。
アドバイスをいただければ幸いです。よろしくお願い致します。

http://www.ubuntulinux.jp/japanese
japanese teamのパッケージのインストールの仕方です

https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/JapaneseEnvironment/IbusAnthy
なんかもうちょっとのとこみたいですが
このwikiのibus-anthyの設定で　キーの割り当て　というのを試されては？

http://ubuntulinuxnyumon.blog60.fc2.com/blog-entry-57.html
ここの画面のように　ibusの設定で　切り替えの所になにも入ってないとか
ctrl+spaceでは切り替わるのでしょうか？

hide様、何度もご助言いただき、ありがとうございます。

IBusの設定　→　一般　→　キーボードショートカット：切り替え
ですが、
Control+space; Zenkaku_Hankaku; Alt+Kanji; Alt+grave; Hangul; Alt+Release+Alt_R
と設定され、Ctrl＋spaceでも切り替えができました。ただし、gedit限定です。

IBusの設定　→　詳細　→　グローバルインプットメソッドの設定：
すべてのアプリケーション間で同じインプットメソッドを共有する
これにはチェックが入っていませんでした。
さっそくチェックを入れて、再起動してみました。

PCを立ち上げる→ログインする→IBusが落ちている
ここが一つの山です。ランチャーからIBusを立ち上げます。
インジケーターに現れたキーボード（IBus）アイコンをクリックする→インプットメソッドがありません
ここが二つ目の山です。geditを立ち上げて、ウィンドウ内で右クリック
→入力メソッド→IBus(Intelligent Input Bus）をクリック
→キーボード(IBus）アイコンをクリックすると、インプットメソッドにAnthyやMozcが加わります。
「半角/全角」またはCtrl＋space、どちらでもアイコンが変わり、言語バーが表示され、geditで使用できます。

この状態でThunderbirdやFirefox、LibreOffice Writerを立ち上げ、文字入力を行う。
言語バーが
Aち Anthy あ R 連 般 (設定) ☆
から
Aち Anthy ☆
に変わります。
「半角/全角」とCtrl＋space、どちらも無効です。
一応アイコンをクリックして見ると、Anthyに○が付いています。
今、geditに戻ってAnthyを使っています。この状態でAnthyの「Aち」に変わったアイコンをクリックすると、
「インプットメソッドをオフに」に○が移っています。ですが、Anthyを使えています。
逆に無理やりAnthyに戻してgedit以外のアプリを使っても、短い言語バーを表示するのが精一杯で、
日本語入力をする事はできません。
この三つ目の山を越えるべく、次の手段をご教示いただけますよう、お願い致します。

もう一つ、追記させていただきます。
言語バーの長さは、たまに日本語入力の可能、不可能を示す物ではありません。
投稿の欄をクリックしても長い言語バーのままだったので、書けるかも知れないと思ったのもつかの間、やはり無理でした。
その後、再び言語バーはgeditで長くなり、Firefoxで短くなる状態に戻りました。

hide様、有力な情報を、ありがとうございます。
ご案内いただいたページは、私が直面している問題ズバリです。
さっそく /home/.xprofile と /etc/skel/.xprofile を作成し、
export XMODIFIERS=”@im=ibus”
export GTK_IM_MODULE=”ibus”
export QT_IM_MODULE=”xim”
ibus-daemon -d -x
を入力しました。しかし、効果はありません。

次にインジケータ一番右の電源アイコンから「自動起動するアプリケーション...」を選び、「追加(A)」から
名前(N):ibus
コマンド(M):ibus-daemon -r -d -x
を入力しました。
これにより、ログイン時にIBusアイコンがインジケーターに表示されるようになりました。
ランチャーに登録していたIBusが不要になり、登録を解除する事ができました。

http://pc.casey.jp/archives/153902376
の下の方に、日本語フォーラムのリンクが有りました。
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=12027
バージョンは11.04ですが、同じような問題を報告しています。
funatogawa様の回答を見ますと、~/.bashrcの100行目あたりに、自動起動させる項目が有るとの事。
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=73215#p73215
上記のリンクが貼られていまして、確認した所、一つの方法として
自動起動するアプリケーションの入力方法を
名前(N):IBus daemon
コマンド(M):/usr/bin/ibus-daemon -d
説明(E):Start IBus daemon when Gnome starts(任意)
と紹介されていたので、この通りにしてみたのですが、やはりFirefoxなどで日本語入力はできません。

もう一つの方法、~/.bashrcの100行目を編集する。
100 export GTK_IM_MODULE=ibus
101 export XMODIFIERS=@im=ibus
102 export QT_IM_MODULE=ibus

私のPCでファイルをのぞいて見ると、
93 # Alias definitions.
94 # You may want to put all your additions into a separate file like
95 # ~/.bash_aliases, instead of adding them here directly.
96 # See /usr/share/doc/bash-doc/examples in the bash-doc package.
97
98 if [ -f ~/.bash_aliases ]; then
99     . ~/.bash_aliases
100 fi
101
102 # enable programmable completion features (you don't need to enable
103 # this, if it's already enabled in /etc/bash.bashrc and /etc/profile
104 # sources /etc/bash.bashrc).
105 if [ -f /etc/bash_completion ] && ! shopt -oq posix; then
106     . /etc/bash_completion
107 fi
ヤンク＆新しいファイルのvimにShift＋Pができなかったので、書き写しました。
編集する箇所が分かりません。
ご教示願えれば幸いです。よろしくお願い致します。

そろそろアドバイスできる限界が近いので、お助けくださいね

さっそく /home/.xprofile と /etc/skel/.xprofile を作成し、
export XMODIFIERS=”@im=ibus”
export GTK_IM_MODULE=”ibus”
export QT_IM_MODULE=”xim”
ibus-daemon -d -x
を入力しました。しかし、効果はありません。

とありますが　隠しファイルを表示すると　.xprofile はもともとなかったですか？
もし新たに/home /etc/skel　にそれぞれ作成したとするとダブってできてないでしょうか？