Ubuntu12.04LTSにジャストシステムのATOK for Linux（ATOKX3）をインストールしました。
ジャストシステムのサポートページではどうにもならず、こちらを参考に、普段使うかなのローマ字入力ができるようになりました。

http://d.hatena.ne.jp/itiri/20120417/1334669622

しかし、Windowsなどでは当たり前に表示されるATOKパレットというものが出て来ません。
Ubuntu１１．XX系までであれば正常に使用できるようですが単語の登録や難読漢字の入力など、
ローマ字入力以外の一切のことができない上、かな入力への切り替えなど、
当たり前に動くと思っていた機能が一切使用出来ません。
「システムの設定」にある、「言語サポート」の中で、
キーボード入力に使うIMシステムが「ibus」でなく、「iiimf」であり、
ASCII系のムックであるUbuntu Magazine Japan Vol.08 によると、
Unityではibus以外のIMシステム以外は使えないとのこと。
上記の不具合はATOKX３のバグではなく、Unityのバグであると書かれています。
仕方が無いので、Unity以外のデスクトップ環境を使うことにしました。
他の環境でATOKを正常に使えるのか不明ですが、12.04をインストールしたデフォルト状態でも、
漢字入力は可能だという事をお知らせしておきます。
「ibus」と「iiimf」は、設定しなおして再ログインすれば、ATOKを使わないことも可能でした。
参考にした記事の詳細は、

http://ubuntu.asciimw.jp/elem/000/000/010/10503/

で公開されているPDFを参照しました。
過去に販売された雑誌の記事がこのような形で見られるとは思っていなかったのでASCIIさんには感謝したいところです。
自己解決するつもりですが、既に対応されている方がいらっしゃったらご教示願えないでしょうか。
よろしくお願いいたします。