以下の環境では、録音ができます。
参考になるでしょうか？

ubuntu 12.10(64bit)
Intel Pentium CPU G620
P8H61-M LE
pavucontrolをインストールし、起動させて、
「Monitor of Built-in Audio アナログステレオ」を選択しておく

参考
http://gihyo.jp/admin/serial/01/ubuntu-recipe/0137?page=1

書き忘れていましたが、
PulseAudio 音量コントロール（pavucontrol 1.0-1）は問題無く使えます。
お蔭で、Audacityが使えました。
また、サウンド・レコーダーは12.04.1(64bit)で問題無く使えましたが、
12.10にアップグレードした直後から、動作がおかしくなりました。
アップグレード直前までは、普通に使っていました。
12.10(64bit)で使えている方がおられる事を知り、
カーネルを3.2.0-30から3.5.0-17に上げたのが原因かと、疑ってしまいます。
二度目の録音ボタンクリックで、録音を保存するか尋ねられた時、
「別名で保存」を選べば、テキストファイルを作って、応答無しからの強制終了を聞かれた時に終了すれば、アプリを落とせるのですが、
「保存せずに続ける」を選ぶと、全てのボタンが無効になり、強制終了も聞かれないため、落とせません。
端末のtopコマンドから確認して、killしようとしたのですが、サウンド・レコーダーらしき物が見当たりません。
アップデートで改善されるまで、Audacityを使う事にします。

追記ですが、前の投稿でAudacityの設定項目にpluseと書いてしまいましたが、pulseの誤りです。