症状についての追記です。
色々観察してみると、どうやらGlobal Menu内でアイコンを使っていると問題があるようです。
アイコンが同じだと同じ表示項目になっている感じです。
他のアプリでも同様です。
共通のアイコンではないアイコンは✖印のアイコンになっています。

うっかりしていました。
重大なことに気がついていませんでした。
この症状がGNOME Tweek Toolのテーマ項目でメニューにアイコンを表示した時にメニューの日本語が変になるというのを忘れていました。
つまりアイコンを表示しないのがUnityのデフォルトなんで、これはUbuntu側の問題とは言い切れませんよね。
どうも失礼しました。