本日アップデートがあり、im-switchパッケージがアップグレードされたので気になって確認してみました。
するとchangelogにはunityのメニューバーにibusアイコンが表示されない件で10秒間のディレイを追加となっていました。
/etc/X11/Xsession.d/80im-switch内で、10秒間のディレイが追加されています。

それで質問なのですが、今まで実施していた対処で[systray-whitelistにibusを追加する]は不要になるのでしょうか？

実際に自分の使用している環境(ubuntu 12.04.1 LTS)では今まで追加していましたが、試しに追加した物を削除して使用中です。
今の所、何度か再起動してアイコンが表示されなくなる様な現象は起きていません。