こんばんは。
私も重さに耐えきれずLubuntuに移行しました。なかなか快適で気に入っております。
こちらの環境は、Lubuntu 12.10です。

ところで、私もaudaciousを愛用しております。
試しにInterfaceを件のWinamp Classic interfaceにしたのちプレイリストを表示にし、
最小化を試してみました。こちらの環境ではプレイリストごと最小化されました。プレイ
リストをメインウィンドウにくっつけた状態でも、離した状態でも試しましたが、どちらも
問題なく最小化され、現象は再現できませんでした。

試しに、$HOME/.config/　にあるaudacious/ を削除してみたらいかがでしょうか？
その際プレイリストなどは削除されてしまいますので、バックアップすることをお忘れなく。

以上、参考になれば幸いです。

こんばんは。
試してみました。確かに二回目の起動からプレイリストエディタが取り残されますね。

で、色々試して見ました。
audacious起動時に、前回プレイリストエディタを起動していたことは覚えてるものの、
ubuntu側でセットだと思ってくれないみたいな雰囲気ですね。

バグ報告はしていただくとして、とりあえずは毎回プレイリストエディタを立ち上げ直す
しか対応はなさそうです。
いちいち右クリックからView-＞Playlist editorとするのは面倒ですので、Audacious本体
の＠の上、ボリューム・左右バランスの右端の[PL]をぽちぽちと2回クリックというのが
よろしいかと。

もしいい手を思いついたら、ぜひここでご報告ください。