アンインストールというのが、OS上の概念なので、存在はしません。
　…というのはわかってるのでしたっけ。

　また、データやファイルという概念も実は同様です。
　ですから、「誰かに譲渡する場合」はそれらを認識できるように復元できるので、「消したほうがいいですよ」とか「壊してしまえ」といわれるのですが、「自分で使う」のなら、どうせ次に入れて使うシステムが上からデータを書いてしまいますし、それらのシステムは、元のデータを認識しませんので、わざわざ消しても、時間とHDDの寿命と、電力の無駄だとは思います。上から書かれてしまった領域は復元できませんし、出来るようならストレージとしておかしいデバイスです。
　データが存在することと、それがファイルやプログラムとして動作することは別です。

　以上のことから、windows→ubuntu→windowsが手順としてわかりやすいものを見つけているのなら、最初のWindowsを飛ばして読めばいいのではないかと思います。
　wubiでのインストールの場合は、Windowsの設定した環境に間借りするので、最初からあることが前提ですが、別パーティションにインストールしたそれならドキュメントとして十分なはずです。
　新規インストールとの違いは、パーティションを切ってあるかどうかですので、Windowsのインストール時には、それらの領域を削除するという手間が増えるだけです。それはWindowsのインストーラでも行えますし、あらかじめ行ってもかまいません。

　それでも、一切のデータを0にしたいのなら、HDDメーカーのページでもそういったソフトを頒布していますし、消去ツールの類はフリーウェアでも存在します。OSが必要なアプリケーションは難しいですから、
　http://www.wheel.gr.jp/~dai/software/wipe-out/
　のISOイメージとか。LiveCDから、ddコマンドで0を書いてもいいのだけども。
　ただ、その作業に意味はないです。