Windowsのコマンドが打てさえすれば復旧できます。
①Windows OS のCD又はDVDから起動して復旧モードに入る。
②FDDのWindows起動ディスクを起動する。
どちらもあればの話ですが。
Windows XP、Windows 7 ではOKですが、Windows2000proについては申し訳ないですが記憶が定かではありません。
うまくできなかったらすみません。

コマンド
set PATH=%PATH%:C:\Windows\System32    （ \ はWindowsでは￥のことです）
bootrec /fixboot
bootrec /fixmbr
exit

ご教示ありがとうございます。
Windows2000　セットアップから復旧を試みたのですがうまくいきませんでした。
Windows2000の復旧を優先して行いたいと思います。
もう少しUbuntuを勉強してからダブルブートに挑戦したいと思います。
ありがとうございました。

色々とご教示いただいて有難うございます。
Ubuntuがメインのフォーラムでwindowsの質問ばかりで申し訳ありません。
お教え頂いたURLでwindowsは立ち上がったと思うのですが、
｛　Service Pack２CDをCD-ROMドライブ（G)に挿入して[ok]をクリックしてください。
フロッピーディスクなど、別の場所からコピーする場合も、[ok]をクリックしてください。｝
などのコメントが出て前に進めません。他にどこか間違って書き換えてしまったのでしょうか？
もう一度教えて頂けないでしょうか。よろしくお願いします。

色々と情報ありがとうございます。PCの前に座る時間が限られ返事が遅くなり申し訳ありません。
教えて頂いたURLを利用して復旧を早急に目指したいと思います。また、ご教示お願いします。

USBメモリに作成したUbuntuを起動して同じことをやってみました。
Cドライブ（NTFS）のDATAを外付けバードディスク（FAT32）に問題なくコピーできました。
Live CD からも同様のはずですがね。申し訳ありませんが CD がもったいないので試してません。

USB起動のUbuntuを作成するためには、ISOファイルと「UNetbootin」か「Universal-USB-Installer」が必要です。
再度 Live CD でやってみて、だめな場合は、他のパソコンか誰かのパソコンを借りて作成されたらいかがですか。

DドライブとEドライブのDATAはWindowsシステムと関係のないDATAですから単純コピーできるはずです。
Cドライブについては「マイドキュメント」や「デスクトップ」のDATAでWindowsシステムと関係のないものは単純にコピーできます。
Cドライブそのもの、例えば「Program Files」内にもし必要なDATAがある場合でもWindowsシステムと関係のないものはコピーできます。
Cドライブの一括コピーは莫大な時間がかかりますし、Windowsシステムのファイルではねられると思います。
絶対必要と思われるDATAだけにして、ソフトウェアはあきらめて再インストールする気持ちになられたほうがいいと思います。