こんにちは。
たぶん同じ現象だと思うのですが、私もBIOS画面が表示された後、画面が何も表示されなくなる状態になりました。
モニタの接続を、D-subボートからHDMIポートに変えたりしていじっていたので、そのせいかと思っていたのですが、どうもアップデートが原因でなったようでした。
私の場合、HDMIポートでは表示できますので、こちらで使用しています。
もし可能で、HDMIポートを試されては如何でしょうか。

当方PC
本体：シャトルXS３５Ｖ３Ｌ
メモリ：４ＧＢ
ＳＳＤ：ＡＤＡＴＡ

たびたび、すみません。
一部間違えました。

当方PC
本体：シャトルXS３５Ｖ３Ｌ（誤）　→　シャトルXS３５GSＶ３Ｌ（正）

私は、自作PCですが、最近似たような状況に遭遇しました。ちなみにその環境ですが、

OS:　ubuntu13.04 64bit版で日本語リミックス化
M/B:　ASUS-M5A97-pro （中古品）　オンボードのGPUがないタイプ。
CPU:　AMD-Phenom2✕６−１０６５T（中古品）
G/B:　CFD-AX7750-1GBD5-NH(中古品）　RadeonHD7750搭載品

結論からいいますと、shuttle-XS35GS-V3LにはRadeonHD７４１０Mがグラフィクスカードとして入っており、
そのドライバーが適切に当たっていないのではないかということです。

もしそうだとするならば、２つの方法が考えられます。
一つは、Ubuntuをインストールしなおし、まっさきに「追加のドライバー」よりプロプライエタリなドライバーをインストールし有効にする。
　　＊「追加のドライバー」は、Dashを開いてその中からか、ソフトウエアソースを開いてその中からかどちらかにあるはずです。

もうひとつは、１：今の不具合の状態で再起動し、Shiftキーを連打しGRUB画面をだして、「Advanced options for Ubuntu」を選択します。
　　　　　　２：次のGRUB画面で「recovery mode」（複数ある場合は新し目のヴァージョンがいいかと思います。）を選択します。
　　　　　　３：Recovery Menu画面で「resume」と「clean」と「dpkg」と「ｆｓｃｋ」を選択します。
　　　　　　　＊ここで絶対に「failsafex」は選択しないで下さい。ブラックアウト状態になり、やり直しになります。

こうすることで幾らか改善したでしょうか。あまり改善が見られない場合は1〜３を２・３度繰り返して見て下さい。
改善が見られた場合は、一つ目のプロプライエタリなドライバーのインストールをここで行います。

これでも改善が見られない場合は、申し訳有りません、私の力では現時点でこれ以上はどうしようもございません。誠に申し訳ありません。
もっとお詳しい方のレスが届くことを、祈っています。