私も先日、大学での研究のためUbuntuでOpenCVを使いました。
私の場合はWindowsXPとのデュアルブートでUbuntuをインストールし、
USB接続のWebカメラ(Logicool Qcam Pro for Notebooks)を使いました。
その際、Ekigaで使う場合はgigantsさんと同様、V4L2でないと認識してくれませんでしたが、
OpenCVでも問題なく扱えました。

とりあえず、cvCreateCameraCapture関数への引数はどのように指定しているでしょうか？
デバイスを明示的に指定することでうまくいくようになるかもしれません。
使いたいV4Lデバイスのデバイスファイルを/dev/video<n> (<n>は整数)とすると、
cvCreateCameraCaptureへの引数はCV_CAP_V4L + <n>とすれば良いはずです。