Ubuntu-Builder 2.3.4-1 ではカーネルをアップグレードする想定がされていませんができます！

(カーネルのアップグレード）
Synapticで 「Update All」をクリックして実行すればカーネルのアップデートができます。
Consoleで apt-get autoremove ところがこれで Build しても起動できないISOができてしまいます。
ここからはテクニックを要します。
そのための準備①～④を事前にしておきます。これは ubuntu-builder での処理ではありません。
① 端末から sudo nautilus を起動。
ファイルシステム→/home/ubuntu-builder/FileSystem/boot の二つのファイル
アップデートした initrd.img-?.?.?-??-generic と vmlinuz-?.?.?-??-generic をどこか適当な場所にコピーします。（？はカーネルのバージョン）
② それぞれ initrd.lz と vmlinuz に名前を変えます。
③ この二つのファイルを ctrl を使って二つとも選択し、右クリック→切り取り （コピーでもいいです）
④ 次に /home/ubuntu-builder/ISO/casper を開いておきます。
いよいよ Ubuntu-Builder を起動し、Build を実行します。cleaning が終わって filesystem.squashfs の作成に入ったら④の場所で、右クリック→貼り付け
以上で、 initrd.lz と vmlinuz が ISO の casper フォルダーに作成されます。

これは ISO 再構築アプリを使えば下記のようにして処理ができます。
仮想ディスク作成ソフトとISO作成ソフトを使って initrd.lz と vmlinuz を caspew フォルダに追加して ISO を再構築します！
使用するアプリは、Windows だと「Alcohol 52%」と「UltraISO」です。Linux でもそれに匹敵するものがあるでしょう。