原因が分からず、困っています。

ARMプロセッサ用のUbuntuシステムを作るため、x86マシン上でARM用ルートファイルシステムを作りUSBカードリーダから、
SDカードに一括コピーしています。
書き込みには、十数分掛かります。

この時、ルートファイルの/home/user1に必要なファイルsetup.scrを入れて、一括でコピーすれば問題なくコピーできます。
# cp rootfs/* /media/rootfs/ -a

ところが、ルートファイルをコピー後、連続してsetup.scrをコピーするとターゲット上で表示されなくなります。
# cp rootfs/* /media/rootfs/ -a
# cp setup.scr /media/rootfs/home/user1/

このSDカードをx86マシンのUSBに戻して中を見ると、setup.scrはちゃんと存在します。

このような問題は何故起こるのでしょうか？

よろしく、お願い致します。