私はubuntu12.10なんですが

/etc/conky/confy.confをホームディレクトリへコピーしたファイルの名前は
.conkyrc
になっているでしょうか。
.conky rcにすると変更が有効になりませんでした。

あるいは、
DLしたものだとread meに再起動後有効にするためには以下の文を追記する、という
記述があるものもあったので、どこのページを見て、どのように変更をしたのかを
書くと詳しい方からの投稿があるかもしれません。