apt-get update した時のものを拾おうとするので、Ver1です。
サーバー側にVer2が追加され、その後Ver1がサーバーから削除されると、apt-get upgrade でエラーになります。

ここで、もし Ver2 をダウンロードするような仕組みになっていると、Ver2 では依存関係が変わっているかもしれないので、インストール時に依存関係が壊れてしまう可能性が出てきます。

kokawa2003 による投稿:

やっぱりそうですかすっきりしました。
apt-get update したまま寝落ちすることがあるのでちょっと気になってたんですよね。
たしかに時々失敗してます。
サーバーに負荷かけるからapt-get update　あまり繰り返したくないしね

apt-get update後に放置してapt-get upgradeする、というパターンが続く場合と、apt-get updateを頻繁に実行する場合を比較すると、たいてい後者の方がサーバーにとっては低負荷になる方向に収束するので、こまめにapt-get updateして頂く方がみんな幸せになれます……。

えーと。

Gentooのようにソースコードフォームで配るもので必要なロジックと、バイナリフォームで配るものはまったく別の原理なわけで、援用するのはちょっと正しくありません。