PBRへのインストールの件、解決しました。
結局 --force オプションを付けるだけでした。

[sda6にgrub2をインストールする]
sudo mount /dev/sda6 /mnt
sudo mount --bind /dev/ /mnt/dev
sudo chroot /mnt
sudo grub-install --force /dev/sda6

[HDDのMBRにMBMをインストールする]
FDDが無いので、USBブートでFreeDOSを起動する
2:Safe mode を選択し、コマンド入力状態にする。
A:> c:
C:> cd mbm
C:\mbm> mbm install 1

*USBデバイスのデータは、Cドライブとしてアクセスします。
*mbmのインストール先の番号は、1を指定します。
　（この場合、0はUSBデバイスになってしまうため）

以上です。