ubuntuのバージョンが書かれていないし、unity上なのかcairo-dockセッション上なのか不明ですが、
cairo-dockをunity上で使う必要はないでしょう。
ubuntuでのcairo-dockは別セッションとしてありますので別セッションで使うのが一般的だと思います。
他のLinuxではcairo-dockは単にアプリの一つですが、ubuntuではセッションの一つとして扱われます。
unity上で使うと、うまくいかないことが多いです。
ちなみにこの回答はubuntu12.10-desktop上でのことです。

GNOME-Classic上でもうまくいかないことが多いです。
Logout してみると、セッションにcairo-dockがあるはずです。
それはubuntu-12.04でもubuntu-12.10 でも同じと思いますが・・・・・。
セッションでのcairo-dockのscreenshotは私のホームページで確認ください！
http://www11.ocn.ne.jp/~ksoft/ubuntu.html