WIndows上のVMWareでUbuntu12.04.2を利用しています．

研究室で運用するため，TeX Live 2012をインストールし，texファイルをコンパイルしたところ，コンパイルエラーが生じました．
そこで原因を究明するため，自分で以下のような作業を行いました．

Ubuntu 12.04.2 OEM版を新規の仮想環境にインストールし，VMware Toolsと
synapticをインストールした後，
以下3パターンのインストール手順でTeX Live 2012をインストールしました．

1:Ubuntu Japanese Teamが提供する日本語環境パッケージ（以下，日本語環境パッケージ）を
インストールし，TeX関連（※１）インストールを行う．

2:TeX関連（※１）インストールを行い，日本語環境パッケージをインストールする．

3:日本語環境パッケージをインストールせず，研究室で必要なパッケージ群（※２）を
synapticでインストールし，その後TeX関連を（※１）インストールする．

その結果２番のみコンパイルが成功し，pdfファイルを作れました．

TeX Live 2012の何が他のパッケージと衝突しているか原因を究明したいと思い質問をさせて頂きました．
情報提供の方，よろしくおねがいします．

※１
TeX Live 2012のパッケージを以下のサイトの通りにインストールする．
http://support.rstudio.org/help/kb/faq/installing-tex-live-2012-for-ubuntu-1204
その後Synapticで以下のパッケージをインストールする．
・texlive-lang-cjk
・xdvik-ja

※２
パッケージリスト
emacs
g++
cmake
libeigen3-dev
libboost-iostreams1.46-dev
doxygen
doxygen-gui
aspell
global
auto-complete-el
git
gitg
qgit
magit
gnuplot
gnuplot-mode
gnuplot-doc
ibus-mozc