１３．０４にアップグレードした（ためにいろいろと苦労している）者です。よろしく。

試みに、evolution をインストールしてみましたが、正常に動作します、よって、最終的にはインストールし直されればとも思いますが。

ただ、その場合にさまざまな設定ファイルがどうなるかだと思います。アンインストールしても設定ファイルを含むフォルダーが残っているなら
インポートできると思いますが。通常のアプリは設定ファイルを残してることが多いような気がしていますが。アンインストールで消される可能性があるなら
どこかに退避させておいて、アンインストール後に、インポートかと。

thunderbird ならこういう作業ができるのですが、evolution は使ったことがなかったので済みません。

アップグレードでもユーザーがインストールしたアプリの全てについて、当然には対応するわけでなくこういうことが起きるようです。
ｖｌｃもインストールし直し見たらいかがでしょう？　当方のはアップグレードでも動作には問題ありませんでした。

アップグレードの弊害がいわれていますが、ただ、クリーンインストールが全面的にいいかというと、
さまざまなアプリの設定のし直しや、ドライバーの当てなおし等を考えると、どっちが優れているとも言えないような気がしますが…。