koisan1949さん
早速の回答有難う御座います。

> /var/lib/apt/lists/partialの中は、普通は空と思います。

/var/lib/apt/lists と /var/lib/apt/lists/partial
を空の状態にしてから再度「apt-get clean」→「apt-get update」しても
/var/lib/apt/lists/partial 配下に多くのファイルが出来てしまいます。

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:/var/lib/apt/lists/partial# ls
ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_precise-backports_main_binary-amd64_Packages
ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_precise-backports_main_binary-amd64_Packages.decomp
ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_precise-backports_main_binary-i386_Packages
ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_precise-backports_main_binary-i386_Packages.decomp
ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_precise-backports_main_i18n_Index
ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_precise-backports_main_source_Sources
ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_precise-backports_main_source_Sources.decomp.FAILED
～中略～
security.ubuntu.com_ubuntu_dists_precise-security_multiverse_source_Sources.decomp.FAILED
security.ubuntu.com_ubuntu_dists_precise-security_restricted_binary-i386_Packages.decomp
security.ubuntu.com_ubuntu_dists_precise-security_restricted_i18n_Index
security.ubuntu.com_ubuntu_dists_precise-security_universe_binary-i386_Packages
security.ubuntu.com_ubuntu_dists_precise-security_universe_binary-i386_Packages.decomp
security.ubuntu.com_ubuntu_dists_precise-security_universe_i18n_Index
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> jp.archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_precise-backports_restricted_i18n_Indexが
> /var/lib/apt/listsの中にあれば問題ないですが、
> 存在しない場合は、cpして/var/lib/apt/lists/partialにあるのを削除、
> またはmv で/var/lib/apt/listsに移動してください。

「apt-get update」 した直後には
jp.archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_precise-backports_restricted_i18n_Index
は/var/lib/apt/lists には存在せず、やはり/var/lib/apt/lists/partial に存在します。
/var/lib/apt/lists/partial から/var/lib/apt/lists へこのファイルを移動させてから
再度「apt-get update」してもエラー終了し、/var/lib/apt/lists/partial に同様のファイルが生成されていました。

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:/var/lib/apt/lists/partial# mv ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_precise-backports_restricted_i18n_Index ../
:/var/lib/apt/lists/partial#
:/var/lib/apt/lists/partial# apt-get update
無視 http://ftp.jaist.ac.jp precise InRelease
無視 http://ftp.jaist.ac.jp precise-updates InRelease
～中略～
取得:47 http://ftp.jaist.ac.jp precise-backports/restricted TranslationIndex [259 kB]
E: パッケージファイル /var/lib/apt/lists/partial/ftp.jaist.ac.jp_pub_Linux_ubuntu_dists_precise-backports_restricted_i18n_Index を解釈することができません (1)
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koisan1949さん

> 上手くいくか不明ですが　grubの選択メニューのrecovery modeを実行すれば
> 直る可能性があるかも
> cleanとdpkgをすれば修復されるかな。。。

リカバリモードでパッケージ修復が出来るんですね。
実行してみましたが、残念ながら状況変わらずでした。

どうも挙動が謎なのですが、なにかしら暗黙の前提になっていて、明示されていない特殊な条件がないでしょうか。

一般的な対策としては、以下の手順で直ることが期待されますので、もう一度試してみて頂けないでしょうか。

1) /etc/apt/sources.list をオリジナルのものに戻す。

2) なんとなくProxyが間にいるような気もするので、apt-get update時に「壊れたProxy」用の設定を入れて試してみる（parital/になにかファイルができる場合は毎回除去してやる）。

sudo apt-get  update -o Acquire::http::No-Cache=True
sudo apt-get  update -o Acquire::BrokenProxy=true