ありがとうございます。
教えて頂いたコマンドは試していませんが、ケーブルやボリュームの不具合では無いようです。
OSの再インストールで治りましたが、この状態でまた現象が現れないか確認してみようと思います。

こんにちは
その後も音が傾くことが続いたため、ミキサをバイパスして
通さないようにしてみたところ一時的に回復。
その後また傾くといったことの繰り返しです。
もうちょっといじってみます。

PC側の仕様が書かれてませんのであて推量ですが、USB3.0ポートにRAL-DSDHA1を接続してるってことはないですよね。

頻繁に再現するようですね。確認のため、再現する前と後のデバイスの状態を比較してみたいと思います。端末を使った操作になり、少々敷居が高いかもしれませんが、以下を試してみて下さい。

まず、あらかじめ以下のようにしてカード番号を特定しておきます。この例だと1番となります。

$ cat /proc/asound/cards
 0 [Intel          ]: HDA-Intel - HDA Intel
                      HDA Intel at 0xfbff4000 irq 54
 1 [USB            ]: USB-Audio - E-MU 0404 | USB
                      E-MU Systems, Inc. E-MU 0404 | USB at usb-0000:00:1d.7-5, high speed

何とかして左右音声が正常な状態にし、以下の出力を記録します。コピペしてテキストファイルに保存しておくのがよいでしょう。なお、今回はカード番号1番を例にしていますので、適宜読み替えて下さい。

$ amixer -c 1

そのまま使用を続けて、左右の音量バランスが狂った状態になったら、再び上記を実行し、出力を記録します。

２つの出力を比較して気づくことがありましたら教えて下さい。出力をそのままこのトピックに貼り付けてくださると、みなさんと情報共有ができて解決の糸口につながるかもしれません。

サウンドデバイスの状態です。

$ cat /proc/asound/cards

0 [SB             ]: HDA-Intel - HDA ATI SB
                      HDA ATI SB at 0xd0500000 irq 42
1 [R10            ]: USB-Audio - RATOC RAL-DSDHA1 1.0
                      RATOC RATOC RAL-DSDHA1 1.0 at usb-0000:00:13.2-1.4, high speed

ミキサの状態です。

$ amixer -c 1

Simple mixer control 'RATOC Clock Selector',0
  Capabilities: pvolume pswitch penum
  Playback channels: Front Left - Front Right
  Limits: Playback 0 - 127
  Mono:
  Front Left: Playback 127 [100%] [0.00dB] [on]
  Front Right: Playback 127 [100%] [0.00dB] [on]
Simple mixer control 'RATOC Clock Selector',1
  Capabilities: pvolume pvolume-joined pswitch pswitch-joined penum
  Playback channels: Mono
  Limits: Playback 0 - 127
  Mono: Playback 127 [100%] [0.00dB] [on]

　この状態だと、左右とも100%になっているように見えます。

　そして気がついたのですが、私はALSAから直接USBに信号を出力しているのです。
　そしてPulseAudioへ出力しても同じことが起こるのです。

Mocchi による投稿:

２つの出力を比較して気づくことがありましたら教えて下さい。

ここでの「２つの出力」は「ステレオボリュームバランスが崩れる前後のamixerの出力」を意図してました。