私は普段GVIMかVIMばかり使用しているので、geditは滅多に使わないのですが確認してみました。

ubuntu 12.04.2 LTS上のgeditで確認。
geditの設定で変更してあるのは、行番号、右マージン、強調表示、タブ幅、カラースキーム、バックアップファイルの設定くらい。
pluginは標準搭載の物で、チェックが付いていた物は変更していない。

GUI(nautilus)からファイルを左ダブルクリック又は右クリックのメニューから開く。
geditでファイルが開いたのを確認後、同様に違うファイルを開く。
---> 勝手にタブ表示となり、新たにgeditのウィンドウが開く事は無い。

GUIから一度に複数ファイルを指定し、右クリックのメニューから開く。
---> 勝手にタブ表示となり、新たにgeditのウィンドウが開く事は無い。

使用中のgeditのツールアイコンから、"新規作成"又は"開く"を選び新たなファイルを開く。
---> 勝手にタブ表示となり、新たにgeditのウィンドウが開く事は無い。

CLI(CUI/端末)から

$ gedit ファイル名1 &
$ gedit ファイル名2 &
や、
$ gedit ファイル名1 ファイル名2 &

と実行する。
---> 勝手にタブ表示となり、新たにgeditのウィンドウが開く事は無い。

新たにgeditのウィンドウが開けたのは以下の方法でした。
geditで複数ファイルをタブで開いておき、どれかのタブを選んでメニューバーの"ドキュメント"->"新しいウィンドウへ移動"を選ぶ。
注：他にもいくつかありましたが、新規ウィンドウで開いたり、タブで開いたりで安定しない為記述しません。

と言う結果になりました。

具体的にどの様な操作をすると新規にgeditが起動してしまうのか。
geditの設定で何か変更しているのか。(設定項目は少なくタブ表示の設定はありませんが・・・)
pluginに関して標準では無い物を使用しているのか。
等の情報を記載すると、詳しい方が答えてくれるかもしれません。

katsu07さん、回答ありがとうございます。
Ubuntuのバージョンは12.04です。

自分もgeditの挙動を確認してみるとGUI(nautilus)からファイルを開いた場合は1つのgeditの中に複数のファイルがタブで表示されていました。

別のgeditが起動するのが「別のワークスペースに移動し、そこでGUI(nautilus)からファイルを開いた」場合で、よくワークスペースを移動しながら作業していたので
それでgeditが複数起動していたようです。

とりあえずですが最初のgeditのメニューバー上で右クリック→「すべてのワークスペースに配置する」を指定しておくと、別のワークスペースにうつってGUI(nautilus)からファイルを開いた場合でもタブの中に開きgeditが複数起動することはなかったです。

この設定で少し様子を見てみます。