uotoraさん、返信ありがとうございます。

sudo parted -l の結果は以下のようになりました。
logicalなのがまずいんでしょうか…？

ubuntu@ubuntu:~$ sudo parted -l
モデル: ATA SAMSUNG SSD 830 (scsi)
ディスク /dev/sda: 128GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B
パーティションテーブル: msdos

番号  開始    終了    サイズ  タイプ    ファイルシステム  フラグ
 1    1049kB  95.8GB  95.8GB  primary   ntfs              boot
 2    95.8GB  128GB   32.2GB  extended
 5    95.8GB  128GB   32.2GB  logical   ext4


モデル: ATA WDC WD30EZRX-00D (scsi)
ディスク /dev/sdb: 3001GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/4096B
パーティションテーブル: gpt

番号  開始    終了    サイズ  ファイルシステム  名前                          フラグ
 1    17.4kB  134MB   134MB                     Microsoft reserved partition  msftres
 2    135MB   3001GB  3000GB  ntfs              Basic data partition


モデル: ATA SAMSUNG HD204UI (scsi)
ディスク /dev/sdc: 2000GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B
パーティションテーブル: msdos

番号  開始    終了    サイズ  タイプ    ファイルシステム  フラグ
 1    1049kB  106MB   105MB   primary   ntfs              boot
 2    106MB   105GB   105GB   primary   ntfs
 3    105GB   2000GB  1895GB  extended                    lba
 5    105GB   2000GB  1895GB  logical   ntfs


モデル: TEAM USB Disk (scsi)
ディスク /dev/sdd: 4041MB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B
パーティションテーブル: msdos

番号  開始    終了    サイズ  タイプ    ファイルシステム  フラグ
 1    8225kB  4039MB  4030MB  extended                    boot, lba
 5    8258kB  4039MB  4030MB  logical   fat32


警告: /dev/sr0 を読み書き可能な状態にオープンできません(読み込み専用ファイルシステムです)。/dev/sr0
は読み込みのみ可能な状態でオープンされました。
エラー: パーティションテーブルが不正です。再帰的なパーティションが /dev/sr0 にあります。
無視(I)/Ignore/取消(C)/Cancel? i                                          
モデル: Optiarc DVD RW AD-7280S (scsi)
ディスク /dev/sr0: 840MB
セクタサイズ (論理/物理): 2048B/2048B
パーティションテーブル: msdos

番号  開始  終了  サイズ  タイプ  ファイルシステム  フラグ

　bootフラグは、PC/ATの規格上、標準のブートコードが「起動対象にする」パーティションを示します。「起動を可能にする」のではなく「起動する」パーティションで、対象は基本領域だけです。
　したがって「ひとつのシステムにひとつ以上のbootフラグは立ててはいけない」です。

　もちろん「立てる事はできます」が、動作は保障されません。チェインローダはブートフラグを多くの場合見ませんが、フラグがないドライブは起動を拒否するBIOSの機種はあるようですので、ひとつは立てておくのが望ましいとは思います。

　標準のブートコードは、サイズが限られることもあって、ブートフラグの立っている「基本パーティション」から起動を試みます。
　ですから、拡張パーティションからの起動は「できない」のですが「GRUBは機能として本来はその限りではないです。」
　拡張パーティションは再帰的にMBRのパーティションテーブルが書かれているような構造なので、同じようなフラグを立てたりはできますが、多くの場合無視されます。

　失うものがあるのでしたら、grubに設定を追加すれば正常にインストールされていれば、起動しそうですが、現状のUbuntuのシステムに失うものがなければ、基本領域にインストールしたほうが、「見つけてくれやすく」はなると思います。
　標準の操作でインストールできる手順を確立できたほうが、再度入れたりするときには迷わないでしょうし。
　少しドライブが多めだったりするので、インストーラが設定を追記しそびれてるような気がしなくもないのですが。
　ただ、grubが、きちんとインストールされていれば、拡張領域からも、起動はできるようになっていますし、grub自体は起動できるようですので、ローダがないということはなさそうなんですけども。

では、Windowsのブートローダにチェインロードしてもらうのがいいかもしれません。

http://taka8aru.blogspot.jp/2011/05/windowslinux-ubuntu-1104-grub2.html

ただ、インストールできないのなら、メニューも出ないでしょうし、動作のフローとしては釈然としませんが、少なくともWindowsのローダを踏み台にすれば、MBRや、その周辺の構造や既存データによる何かは回避できそうな気がします。
原因がそれ以外であればその限りではありませんが。

メニューが出て、Windowsが起動可能なら、既存のパーティションから、起動するだけなので、手動で追加すればいいような気もしますが、素直にいかない環境は、潜在的な何かを感じなくもないんですけど。

>・ 起動中にESCを押すことでGrub4Dos(0.4.4)の画面には入れましたがWindows用の項目が5つと
>`Load Externel Menu (menu.lst)`, `Grub Command Line`しかなくUbuntuはありませんでした。

　と書かれているので、grub自体は、インストールされているが、起動に必要なメニューがインストール時に構成されていないようなのですが。

　grubが、起動しないなら、書き込めない理由があるとか、書かれているエラーなどの理由などによって、インストールされていないなども考えられるのですが、操作によって起動するなら、grubは起動するように構成されているようです。
　grub自体が、おかしな動作にならないなら、設定が足りないのでしょうが、通常基本領域にあれば、インストール時に検出、追加されるので、見えない理由はなんだろうと。
　いずれにしても、grubはブートフラグを見ない筈なので、grubが起動可能な時点で、あまり原因とも思えません。
　grubの処理を通らないというのなら、思っているのと違うデバイスのMBRや、パーティションにgrubが入ってしまって、ブートストラップ処理の外に置かれているなども考えられるのですが。

　…あれ？

　http://www10.plala.or.jp/palm84/grub4dos.html
　grub4dosのほうでしたっけ？標準のローダ。

　何か標準の設定以外の指定をしているとか、何かを試行したときの名残で入ったgrubだったりする可能性もありますかね？

　そういうことではなく。

>現在Windows7を入れているPCにUbuntu12.04.2(日本語Remix)をインストールした所
>GrubのブートメニューにUbuntuが表示されずWindows7しか起動できない状態になってしまいました。

　とあるので、既存のWindows環境にUbuntu12.04.2を追加で、インストールした。

>・ 起動中にESCを押すことでGrub4Dos(0.4.4)の画面には入れましたがWindows用の項目が5つと
>`Load Externel Menu (menu.lst)`, `Grub Command Line`しかなくUbuntuはありませんでした。

　Grub4dosは起動するらしい。あれ？grub4dos？

　と。

　で、Ubuntuが、標準でインストールするローダがgrub4dosでは「ありえない」のなら、どこからか拾ってきて入れたことになる。
　特にgrub4dosを選択、インストールした記述はない。
　本文中では、grub２と記述が混ざっているので、混同している可能性もあるが別問題。

　ということから、書かれている、パーティション操作や、インストール以外にも何かしたのではないか？という可能性と、書かれていないプロセスや要素で、現象に繋がりうる物は何だろう…という疑問だったわけですが。

　少なくともほかのディストリビューションについては言及がなく、前提条件が、素のWindowsに追加インストール「以外」で何かをしていれば、通常インストールを阻害しているものが何かある可能性もあるかなぁと。

　ただ、私がWindowsのローダからチェインロードといったのは、32セクタがどうのってエラーがあったり、MBR形式のシステムのようなので、MBRとその後続セクタで何かごねられているというだけなら回避できるかなぁと思っただけでして。
　どうするべきというより、記述の内容の整合性はどうなんだろう？見落としや、別の可能性はないか？という話だったりします。

いや、それも違うような気がするのです。

>初めの情報に書き忘れていたのですが、一度自動的にパーティションの切り分けを行い起動できなかったので
>手動でパーティションの削除→作成をして再インストールしています。

>それからパーティションを一度削除し基本領域を作成、そこにインストールを行いましたが
>今までと同様に起動しませんでした…。

拡張パーティションであることについては「基本領域でも試した」と書かれています。
標準のブートコードとして、grub4dosが存在しないのなら、このフローで入っているわけはないはずです。

また、「両方が存在する」よりは「どちらかが存在する」のほうが自然の気はします。
grubは拡張パーティションからもブートできましたが、grub2は駄目なんでしたっけ？
このあたりも何かを試すなら「どこにブートコードをインストールしたのか？」は確認の必要がありそうです。・

挙動から思い当たる原因が見つかる人が出てくればいいのですが、そうでなければ、作業から、おきてることや阻害しうるものをトレースしてみるしかないんじゃないかとは思います。
が、当の本人が、仮想化でいいやって話をされているので、パフォーマンスを重視しなければ、選択肢としては危険性も低く悪くないような気もしていたりはしますし、そこまでのコストがかかるならいいやって感じだとは思われます。
ということもあって、MBRあたりからの処理に何か抱えてそうで、それを回避できて、コストが低そうなのが、Windowsのローダに頑張ってもらうことだった…っていう、提案の経緯でもありました。

本人が、がっつり頑張る気があるときなら、あれこれ検討して、試すのも悪くないんですけどもね。

>1    1049kB  95.8GB  95.8GB  primary   ntfs              boot

　こいつがWindowsさんじゃないですの？sdaですし、マルチブートで、あとからついかしたのは、sdaじゃないかと。
　しっかりブートフラグもついてますが。後ろにUbuntuだろうパーティションもありますし。

　sdbはデータドライブとして使用されているのではなくて？
　Vistaから起動ドライブとしては使えませんが、gpt自体を認識することはできます。
　MBR形式しか扱えないBIOSでも、gptのドライブは起動はできませんが存在できないわけではありません。
　というか、3TBのドライブなんで、まともに使うにはこうせざるを得ません。

>それからパーティションを一度削除し基本領域を作成、そこにインストールを行いましたが
>今までと同様に起動しませんでした…。

　これは、拡張領域だからじゃないのか？という指摘のあとに書かれています。「それから」が、すでにやったが書かなかったのか、事後に実行したのかは、不明瞭ですが。
　
　Vistaも7も可能なら確かにブートパーティションを作ってた気もしますが、なくても起動しますし。

　MBMは拡張パーティションからの起動は無理だと思います。sda5を基本領域として再確保…するなら、再インストールしてもおなじですね。
　というより、基本的には、最初は素直に作業したんじゃないかとは思うので、なおのこと釈然とはしないのですが。

http://ufuso.jp/wp/?p=9715

売り物の外付け3TBだってそうなってますが。
どこに「システムが入っている根拠」があるのでしょう。Windowsでフォーマットすると、boot領域や、妙な未使用領域はずいぶん前から作られてましたけど…理由はどこかで見たけど忘れました。
同じ表示であることと、システムの存在を示していることは違います。GPTにブートフラグはありませんけどね。構成は根拠としては薄弱の気がします。
GPTで、NTFSですが、システムがあるとは限らないように見えますが。

sdcも怪しいんですけど、素直に入れれば、一台目の基本領域が「Windowsのお約束」ではあります。
USB接続のものまでブートフラグがついているのですが、「このエントリはUbuntuが起動メニューに存在しない」ことなので、おかしいけど原因にはなりにくいと思ってはいます。
というか、Windowsの起動については何も言及がないので、問題がないのでしょう。
>Windows用の項目が5つ
と書かれているので、そもそもWindowsがひとつとはかかれていませんので、書いたつもりで抜けていたのが「外せるドライブは外して基本領域へインストール」と書いたつもりだったのですが、読み返したらありませんでしたｗ

>SSD:Samsung SSD830 Basic 128G MZ-7PC128B/IT
>(その他データ保存のみのHDDが2つ接続されています。)
とも書かれていますし。これが嘘っぱちになってくると、もう全てを疑わないといけなくなるように思います。
基本的に「本人が言ってることはそれなりに調べてるから、正しい」前提で物言ってますけどね。
逆にそうしないと話が成立しないので、全てが正しい前提で、整合性のないところは確認、補正するようにしないと論理は構築できないので。
見落としもあるでしょうし、読み間違うことはあっても一応きちんと読んでるんですが…。

MBMなどのチェインローダのばあいは、拡張領域は使えない（というかそもそも仕様外の仕様な場所なので、変なことをするとアップデートなどでも地雷を踏みかねない）ので、基本領域にしたうえじゃないと厳しいとは思います。
多分、本人があきらめる感じの発言なので、進展はなさそうですし、仮想化ですむなら、頑張る必然性もないですしね。

　……誰にでも読めるものを書けない奴もまた馬鹿で無能なんだってわかってますけど。
　そんなに流れから文意を読み取れないほどクソな文章を私は書いていますかね？

　一応コメントは連続していて、流れとして発言されているんです。

　少なくとも「本人が明示していることを妥当性の無い思いつきで否定するのはおかしい」と私は思うんですよ。
　ですから、「すべてが正直に正しく書かれている」ことを基準に整合性の無いローダの話をして、「かかれていない作業プロセスはあるんじゃないか？」という話はしていますがコレだって、「正しいことを前提に作業を進めた場合おかしいだろう」状況だからであって、相手が無能でほら話してたり事実誤認が当たり前だからという前提ではないんです。
　すべてが相応に本人の中で検証され、断言されていて、目の前で起きているなら、起きないはずの事を起こしているのは何か？ってはなしをしてるんですよ。忘れているだけかもしれませんし、書き忘れかもしれませんが、書かれていることから疑うことはそれこそコミュニケーションの否定じゃないかと。
　という理由で「このローダはどこからきた？」という話をしたときですら「ググレそうすりゃ正体がわかる」って、話されてますしね。目の前の数行だけで話をしてるんじゃないんですよ。

　今回の場合、本人が
>SSD:Samsung SSD830 Basic 128G MZ-7PC128B/IT
>(その他データ保存のみのHDDが2つ接続されています。)
　こうはっきり書いているんです。
　MBR形式でブートフラグがあちこちにたってるドライブが複数とかおかしい部分はあるんですが、これを「パーティションテーブルの状態だけ」であなたは疑うといい始めてるわけだ。
　プリインストールかも知れませんけど「自分でインストールしてたら流石に間違えないと」思いますし、そもそもそれだけを根拠に「はっきり明記されてることを疑う」ってどういう了見かと思います。というか、間違ったことを断言するほどろくにわかってない無能と薄弱な根拠で相手を貶めるに等しいと思います。もっと確認するべきこと、検討すべきこと、考えるべきことはありませんか？

　では私が、なぜよそ様のものを持ってきたのか、この場合自分が言わなければいけないのは「システムが入っていなくても類似したパーティション構造になりうる」ということです。見たことあるパーティションと同じだから、システムがあるに違いないっておかしくないか？本人がはっきり明記していることを否定したり、疑う根拠として正当性があるのか？ということです。
　これは「どこかで類似した構成でシステムドライブとして使われていない実績」があれば「無条件に今の質問者を疑うのことの正当性」には疑問を提示するのに十分なものだと思います。「データパーティションではければおかしい」でも「システムがあってはおかしい」でもなく、「システムが入っている可能性があっても、そうではない可能性も類似したパーティション構造のHDDにありえる」ことだけが見て取れればいいんですよ。「本人の言ってることを声高に疑うだけの根拠じゃないのではないか？」ということだけなので。
　ですから、ディストリビューションがどーのとか、どこ見て返事してるのかまったくわからないほど的外れなんですよ。そんなにあさってを眺めながら適当なもの書き散らかしてるつもりは無いんですけどね？
　「システム以外で、似たようなgptのパーティションテーブル」を使ってる人が居れば「本人がデータ専用だ」っていってるんだから、そういう運用がされている「可能性」の根拠になりますし、「Windowsがそこに無い」可能性を示す環境とドキュメントなら何でもいいほどくだらなく、簡単な話で、きちんと論理を組み立てず、なんか怪しいからなんとなくこいつのせいってのは思考じゃなくて反射です。システムがあるはずだの根拠を「私はパーティションテーブルのみ」からは（MBR形式と違い、ブートフラグなど露骨なものは無いので）無いと見ていますし、その姿勢はどうかと思います。
　リンク先は「根拠」ではなく「運用例」です。見覚えあるんで、USB上のHDDにWindowsがあるに違いない！って言ってみますか？リザーブされた領域と、NTFSがある。それ以上に何を断言できるんだろう。
　諸条件を考慮するほどの条件での「例」ではないので、環境がどうのっていうのは論外の反論です。

　本人があきらめてるのに何でこんな話をするかといえば、「本人が確認を取っただろうことを思いつきで疑うのはおかしい」ということで、「本人が言うことはよっぽどおかしな事実でもない限り、まともなこと言ってるって信じないの？」ってことなんですが、思いつきとか、なんとなくの経験則のほうが優先されるのでしょうかね？それを否定する挙動や、結果が露骨に存在するのかどうか。それがないなら、迷路をひとつ増やすだけです。その出口が丁度同じ答えに繋がってることはあるかもしれませんが、それは「正解」とは思いません。

　本人が「伝えるには足りてないから書いたほうがいいんじゃないか」と書くことはありますが、根拠なく「どーせかいてることまちがってんでしょ？確認してないんでしょ？」って感じの失礼な物言いをしたことはないつもりなんですがね。
　複数の読解ができる場合は、条件の規定のために、これを書いたほうがいい、こういうことですの？と確認を取ることもあります。それでも「最初から書かれてることが間違ってる」ことを前提にものを言うほどは人間腐ってないつもりです。
　拡張パーティションは、構造的に特殊ですし、その構成上場所は存在するけど必ずしも考慮されない条件というのもあります。最初に定義される領域と、何個か後ろのそれは場所も扱いも違うので。
　したがって、「使える前提」でいいのかなぁと思う部分は多々あります。処理として未定義なので「つかえなくもない」が「考慮されない」部分は多くありますし。個人的には「使える前提」は後々考えるといやだなぁというだけで。
　自分の言責じゃないんで、根拠があって、前提条件が問題なくて、面倒見られるなら、それはそれでいいんですけど。