katsu07 による投稿:

[root window]が理解できてなくて間違った事を書いてしまっているかもしれません。
ゲストOSのウィンドウでしょうか?

お返事ありがとうございます。ゲストOSのウィンドウのことで間違いありません。

さて、昨日までいくら頑張ってもresize出来なかったのですが、今日ゲストOSのubuntu-ja-13.04-desktop-i386を起動してみると、あっさりwindowのresizeが出来てしまいました。

/var/log/Xorg.0.logと/var/log/Xorg.0.log.oldを見比べてみたのですが、Xorg.0.log.oldの方には大量に

[ 12105.397] (EE) VBoxVideo(0): Unable to determine whether the virtual machine supports mouse pointer integration - request initialization failed with return code -4

というエラーが出力されていたのに対し、Xorg.0.logの方には上記の出力は一つもありませんでした。

何が原因か判らず狐につままれたような気分ですが、一時的にGuest Additionsが正常に動作していなかっただけの様です。
お騒がせしました。