環境は、win7とubuntu12.04のデュアルブートです。
Cドライブにwin7、Eドライブにデータ保管領域、Fドライブにubuntuとなっています。

起動後、windowsブートマネージャでwin7とubuntuの選択をしますが、win7を選択後、「windowsを開始しています」の画面から進まなくなってしまいました。
正常にシャットダウンすることができなかったため強制終了させ、再起動しwin7を立ち上げようとしたところ、「スタートアップ修復」と「修復せずに正常起動」の2択画面になり、スタートアップ修復を選びました。
その後、かなりの時間がかかり、スタートアップ修復完了と出たのですが、完了ボタンを押すと詳細画面が出てきて、詳細画面を×ボタンで閉じると、また完了画面で・・・の繰り返しでどうすることもできず、また強制終了となりました。
これで修復できているかと期待したのですが、やはり上記の状態の繰り返しで、結局win7は起動できないままです。
その後、ubuntuの動作を確認するため、windouwsブートマネージャでubuntuを選択しました（さらにもう一回ブート選択を経て）が、ubuntuは正常に起動できます。

そこで質問なのですが、win7のスタートアップ修復をDVDから行う場合、別ドライブに入っているデータやubuntuはどうなってしまうのでしょうか。
壊れたり、またはフォーマットされてしまうのか、教えていただければうれしいです。