連投すいません。
現在Virtualbox4.2.16でUbuntu server 12.04.3を動かしているのですが
ひと通りのパッケージ(RubyやRailsなど）をインストールした後再起動させてみるとインストールされていたRubyやrbenvやrailsなどがごっそり消えていました。
Virtualbox側も疑ったのですが試しにRubyをインストールした直後のスナップショットを使い適当なフォルダを作って再起動させるとRubyが消えフォルダは残っていたのでVB側ではないと判断しました

検索してみても似たような事例はなくどうしていいのかわかりません
回答お願いします。

それとなぜかSSHとGitは消えずに残っていました

インストールした順序は
SSH→Git,ruby,rbenv,rails（...）です