お世話になります。以下の点で困っておりますので、ご教授頂けますでしょう
か。

・Ubuntuの【バージョン】

===
~ $ uname -a
Linux D257-A71C 3.2.0-52-generic #78-Ubuntu SMP Fri Jul 26 16:23:24 UTC 2013 i686 i686 i386 GNU/Linux
~ $ lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID:    Ubuntu
Description:    Ubuntu 12.04.3 LTS
Release:    12.04
Codename:    precise
~ $ ratpoison  -v
ratpoison 1.4.6 (built Aug 27 2013 19:09:05)
Copyright (C) 2000-2008 Shawn Betts
===

・あなたが使っているPCの【ハードウェア的な情報】

Acer D257-A71C
http://goo.gl/2acNdM

・【今どんなことで困っているか】の、簡単なまとめ

urxvt -e screen

で起動すると、

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Aborted because of window size change
===

と出力され、プロンプトとカーソルが画面真ん中に表示されて困っています。

・その状態に至るまでの操作

以下のようにインストール、設定しました。

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~ $ sudo aptitude install screen
~ $ sudo aptitude install rxvt-unicode-256color xsel
~ $ git clone git://github.com/muennich/urxvt-perls.git ~/.urxvt/urxvt-perls
~ $ cat .screenrc
escape ^]^]
bind ^] paste .
bind ^J backtick 0 0 0 env DISPLAY=:0 ratpoison -c 'select emacs0'
# Change the xterm initialization string from is2=\E[!p\E[?3;4l\E[4l\E>
# (This fixes the "Aborted because of window size change" konsole symptoms found
#  in bug #134198)
# termcapinfo xterm 'is=\E[r\E[m\E[2J\E[H\E[?7h\E[?1;4;6l'
termcapinfo rxvt 'is=\E[r\E[m\E[2J\E[H\E[?7h\E[?1;4;6l'
~ $ cat .Xresources
! ターミナルの名前
urxvt*termName: rxvt

! フォントの設定
! Ritcy Discord,サイズ12,アンチエイリアスON
urxvt.font: xft:Ricty Discord:size=12:antialias=true
urxvt.boldFont: xft:Ricty Discord:Bold:size=12:antialias=true
URxvt.italicFont: xft:Ricty Discord:Bold:size=12:antialias=true
URxvt.boldItalicFont: xft:Ricty Discord:Bold:size=12:antialias=true

! スクロールバーなし
urxvt.scrollBar: false

! 履歴に残す数
urxvt.saveLines: 256

! 背景色
urxvt*foreground:green3

! 前景色
urxvt*background:black

! その他の色の設定
URxvt.color0: #000000
URxvt.color1: #FF4500
URxvt.color2: #9ACD32
URxvt.color3: #DAA520
URxvt.color4: #D2691E
URxvt.color5: #ff00ff
URxvt.color6: #40E0D0
URxvt.color7: #d9d9d9
URxvt.color8: #d2691e
URxvt.color9: #ff0000
URxvt.color10: #00ff00
URxvt.color11: #ffff00
URxvt.color12: #87ceff
URxvt.color13: #ff00ff
URxvt.color14: #00ffff
URxvt.color15: #00ff00

! input with IM at cursor position
urxvt.preeditType: OverTheSpot

! カスタマイズ用のファイルの場所をフルパスで指定
URxvt.perl-lib:/home/clothoid/.urxvt/urxvt-perls/

! 各ファイルをカンマ区切りで読み込む
URxvt.perl-ext-common: keyboard-select,url-select,clipboard

! キーボードセレクトモードを使う
URxvt.keysym.M-Escape: perl:keyboard-select:activate

! サーチモードを M-s に割り当てる
URxvt.keysym.M-s: perl:keyboard-select:search

! url セレクトモードを使う
URxvt.keysym.M-u: perl:url-select:select_next
! マウスの左クリックで url を開く (デフォルトは 2)
URxvt.url-select.button:1
! url は firefox の新しいタブで開く
URxvt.url-select.launcher:firefox -new-tab
! url にはアンダーラインをつける
URxvt.url-select.underline:true

! クリップボードにキーバインドを割り当てる
URxvt.keysym.C-w: perl:clipboard:copy
URxvt.keysym.C-y: perl:clipboard:paste
URxvt.keysym.M-C-y: perl:clipboard:paste_escaped
~ $ xrdb -merge ~/.Xresources
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・本来ならどのように動作することを期待していたか

メッセージは表示されなく、画面上部一行目からプロンプトが開始される事を期待しています。

・実際にはどのような動作になったのか

Aborted because of window size change
と表示され、プロンプトとカーソルが画面真ん中に表示されます。

・その他

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~$ urxvt
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と起動した時は

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~$ echo $TERM
rxvt
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となり、

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urxvt -e screen
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と起動した時は

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~$ echo $TERM
screen.rxvt
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となります。