ありがとうございます
「df -i」で確認したところ９８％ぐらいになっていました
/usr/src/linux-headers-
で始まるフォルダが複数あってそれのファイル数がおおすぎるのだと思い
古い方から削除しました
$ sudo apt-get purge xxx(パッケージ名)
で削除しようとしたのですがそれも同じエラーが出てしまうため
$ sudo rm -r /usr/src/linux-headers-xxx(削除したいバージョン)
として強制的にフォルダを削除してそののち
$ sudo apt-get purge xxx(パッケージ名)
としました
（そののち
$ sudo apt-get install linux-headers-3.5.0.47
のようにインストールが詰まってしまったヘッダーを入れました）

それで一時的には問題が解決したように思えたのですが
linux-headers にアップデートがあるたびに同じ現象が繰り返されます
問題が再発しないようにするにはどうしたらよいのでしょうか？

あと若干気になるのは
パージしたバージョンのLinuxがGRUBメニューに残ったままになります
残っている事自体は構わないのですが
「rm -r」で強制的に削除してから「apt-get purge」しているため
正常に削除されていないのかなと心配になったのですが
大丈夫なものなのでしょうか？

説明が足りない点があったので長々と申しわけありませんが、追加で書いておきます。


カーネル関連のパッケージのうち、 linux-headers のほうを削除しても linux-imageのほうが残っていると、
/bootにカーネル本体が残るので、GRUBメニューにも登録されたままであるのだと思います。

まずは apt-get autoremove で依存関係が切れた不要パッケージを削除してディスクの空き領域を増やします。
（カーネル関連以外も不要なものはさくっと削除されますので、apt-getしたときに注意喚起されたら実行するとよいです。）

それでももし、古いカーネルのうち削除されないパッケージがあれば、apt-get purge する（もしくは apt-get remove する）とよいと思います。
つまり、linux-headers だけではなく linux-image のほうも古い（不要な）バージョンを削除します。


ちなみに、古いカーネルでも、直前や２世代前など、apt-get autoremove しても自動的に削除されないパッケージがあります。
これらは「カーネルをアップデートしたら思い通りに動かなくなった」などの不具合を想定して必要な仕様です。
もし明らかに不要だという確信があるならば、自動ではなく直接指定して apt-get purge （apt-get remove）すればよいです。

こうして「普通」に削除した場合には、自動的にGRUBメニューが更新されるようになっており、存在しないカーネルイメージのブートメニューは削除されます。

inodeの残り容量が足りないという問題ですが

支障の出ている場所が /usr 以下なので、この場所でファイルが多いとするとよくあるのは、
インストールされているソフトウェアが多すぎる、ということが一般的には考えられます。
例えば、複数のデスクトップ環境（GNOMEとKDEの両方だとか）をインストールしていたりすると、容量をずいぶんと消費してしまうでしょうし。

ですので、対処法としては、不要なソフトウェア（パッケージ）の削除がまず考えられます。


それとそもそもの話になってしまいますが、パーティションの総容量が3.9GBということ自体も、用途にはよりますが、いまどきは厳しいです。（ちょうどひと桁多いほうがいいです。）
とりわけいわゆるデスクトップ用としてみると、かなり無理があるように思います。

Wubiの使用も、Ubuntuのお試し用としては便利ですが、常用するとなると、私はお勧めしません。
お試しでさえも近ごろは、Windows上でVirtualBoxやVMwareを使用する人が増えています。

反対に、常用するのであれば、仮想領域ではなく、ちゃんとパーティションを区切ってインストールすることを強くお勧めいたします。
既存のHDD領域を（GPartedなどで）編集して空けるですとか。
新しいHDDを増設したり外付けHDDを利用したりのでも、近ごろも価格はそれほど高くはありませんので。

Wubiの現状で、パーティションを拡張したり移し替えたりする作業をして解消することも可能ではありますが、ちょっと大変で、リスクも高くなります。