問題を解決することができました。ありがとうございました。
　nautilus で作業するための人のために、ちょっとまとめます。

toshio による投稿:

~/.local/share/applicationsにある「〜-usercreated.desktop」を消せば良いかと思います。

　端末からはこれで OK です。

　nautilus で ~/.local/share/applications を見ると、「〜-usercreated.desktop」は存在しないように見えます。
　その代わりリストアップされているオブジェクト自体のアイコンが表示されています。プロパティを確認すると「デスクトップ設定ファイル」とあります。これが「〜-usercreated.desktop」ファイルです。つまり、消したいアプリケーションのアイコンを削除すれば OK です。

　現在の nautilus の仕様では「〜-usercreated.desktop」というファイル名を表示するのではなく、代わりに「デスクトップ設定ファイル」のプロパティを持つアイコンが表示されます。
　ですから nautilus で作業する時は「~/.local/share/applications」ディレクトリの消したいアプリケーションのアイコンを削除してください。