hotohoto です。
Sylpheed はいいですよ。
安定してます。
Windows では私もBeckey派でしたよ。
サーバーのメールの件名を見て、該当のその行を消すというのはできると思います。
ただしメールのプロトコルの形式が imap4 ならばですが、私はpop3なの詳しくは知りません。

Windows時代は昔、少ない数のメール数なら、Beckey がよかったのですが、
一度データが壊れた時があってその時からメーラーはmh系列（１メール１ファイル）の形式にしました。
振り分けで少し便利さに書くことは有りますが、非常に安定的です。
ここ７−８年データ全部が破損したことがありません。
数万件のデータが有りますが全部OKです。

以下箇条書き：
・WindowsXP&7でもこのSylpheedは使えます。
・私はPOPメールだけはWinows7のマシンをメインとしています。
・現状もWindows7で使っています。
・メールデータはBeckeyから引っ越してきました。
・現在書いているこのUBUNTUマシンpc144にもデータが入っています。
・PC144のメールデータはW7のデータのクローンです。
　・上記は振り分け設定の利用が主な目的です。
・私はSPAM設定はしません。ＳＰＡＭは全て受け入れます。
・そして全てを振り分け設定しています。
・受信箱に残るは全体の百分の一くらいの数十通と少ないメール数です。
・W７のbeckeyからSylpheedへのデータの移植は特に問題はありませんでした。
・W7のSylpheedのメールデータはそっくりそのままUbuntuのSylpheedに移植が出来ました。

以上情報まで

よかったですね。ＰＯＰの環境なら私と同じですね。
サーバーコントロールというのは正直、使ったことないです（＾＾；

使い心地というか超巨大なフォルダを作ってもメモリあまり消費しませんから軽いですよね。
Beckeyha単一ファイルなので最初早いけど、巨大なメール料だと、どっさりメモリを消費しました。
たぶん今でもそうだと思う。個人用としては良いですけどね。

Sylpheed は山本さんが作っていて無料ですがおそそめはやっぱり有料のSylpheed Proですね。
検索機能があって数万通のメールも直ぐ検索できます。検討されるといいですよ。
なお私はボランティア営業部ｗ　かな